張仲景時代，芍藥無赤白之分。真正把芍藥以赤白之分是南北朝陶弘景《本草經集註》。陶氏從花色分，赤者為赤芍，白者稱白芍。宋代蘇頌《本草圖經》中將芍藥分為金芍藥、木芍藥。前者花白，即後世之白芍，後者花紅，即是赤芍。新中國成立後後編的《中藥材手冊》說，白芍是毛茛科植物芍藥的幹燥根，白芍都是栽培的，野生的多為赤芍。《中國藥材學》雲白芍出杭州為杭白芍，出在亳州叫亳芍，赤芍又名川赤芍，出在四川。
從功效講，《本草求真》認為赤芍與白芍主治相同，但是有不同之處，白芍有斂陰益營、養陰補血之功；赤芍有散邪行血、活血化瘀的作用。成無己《註解傷寒論》說：「芍藥，白補而赤泄」，白芍補血養血柔肝，赤芍涼血活血。成氏之說對後世影響很大。李時珍也受其影響，「白芍能益脾，能於土中瀉木」，「赤芍散邪，能行血中之滯」。後世壹般認為，白芍能夠養血平肝，長於斂陰，酸甘化陰，有收斂作用；赤芍涼血活血，長於散瘀。因此，學習仲景方藥時當結合臨床實際情況選擇白芍或赤芍。但近代也有學者認為從藥材的來源來講，兩者差別不大。
芍藥的功效
解肌和營
《實用藥性字典》雲白芍「酸斂津液而益營血，收斂陰氣而去邪熱」。代表方是桂枝湯、桂枝加葛根湯等。白芍和桂枝相配伍，有兩層意思：壹是調和營衛，壹是兼制桂枝，怕傷營血。筆者在臨床治療雜病嚴重汗證（盜汗自汗或者夏天不汗出者），屢治不效屬營衛不和者，常以白芍和桂枝相伍，佐以姜棗，再重加黃芪30~60克，效果很好。汗多由於衛氣虛弱、營衛不和，重用黃芪補氣固表，桂芍調和營衛，再酌加鍛龍牡、五味子等收斂之品獲效；無汗由於衛陽不足，無以鼓舞陰液，重用黃芪鼓舞衛氣、激發腠理，桂芍和其肌腠，即有汗出。壹法兩效，關鍵在於針對病機，無論有汗、無汗，即可取效。
緩急止痛
芍藥甘草湯酸甘化陰，原治療「腳攣急」，太陽病發汗後，傷及陰分，陰液不能濡養筋脈導致的腳攣急，芍藥甘草湯主之。除此以外，用於止痛的方很多，如桂枝加芍藥湯適用於太陽中風證伴腹痛，治療「腹滿時痛」加芍藥，小建中湯即是桂枝湯加重白芍的用量，再加飴糖，治療「腹中急痛」。桂枝加大黃湯，桂枝湯治療太陽中風表證，陽明腑實「大實痛者」加大黃，蕩滌腸胃；止痛，用芍藥。《神農本草經》說芍藥「主邪氣腹痛」。《本草匯言》也說：「芍藥同甘草止氣虛腹痛，同芎、歸止血虛腹痛，同楂、樸止積滯腹痛，同砂仁止胎孕腹痛，同芩、連止熱痢腹痛，同姜、附、肉桂止陰寒腹痛。」把芍藥的止痛作用概括得淋漓盡致。芍藥根據配伍不同，可以治療各種不同性質的疼痛。
實驗研究，芍藥含有芍藥甙有解痙作用，主要通過對平滑肌的直接作用而達到的，對中樞神經系統也有鎮靜、鎮痛及抗驚厥作用。所以筆者在臨床對於壹些失眠，煩躁，焦慮，也重用白芍，因為它有鎮靜、抗驚厥作用。芍藥或芍藥甙有抗炎、抗潰瘍作用，對大鼠應激性潰瘍有預防作用，如潰瘍病引起的疼痛，小建中湯重用芍藥，它本身可以解除平滑肌痙攣。芍藥提取液使胃酸輕度上升，萎縮性胃炎到三期，胃酸不足可以重用芍藥，甘酸化陰。因為胃酸不足也可以引起腹脹、消化不良等，可以加芍藥、烏梅、山楂，可以增加它的酸度，對於胃酸不足引起的萎縮性胃炎腹脹滿甚合適。相反，如果是膽汁反流性胃炎、反流性食管炎、胃及十二指腸潰瘍，酸度比較高的芍藥應該少用。如果要用，取其止痛之功，但要防止其增加胃酸的副作用。
疏肝和脾
代表方四逆散。治療陽郁不達的「少陰病，四逆」，四逆，四肢厥逆。四肢厥逆有各種情況，《內經》中有寒厥、熱厥，「陽氣衰於下則為寒厥，陰氣衰於下則為熱厥」，是指腎陰、腎陽不足。腎陽不足，四肢厥冷為寒厥；腎陰不足，四肢厥熱為熱厥。張仲景的寒厥、熱厥不同，「厥者，陰陽氣不相順接」，上焦與中焦不通，用大承氣湯，攻其中焦，交通上下。高熱中「熱盛厥亦深」，高熱患者同時有陽明腑實證，表現為休克、四肢厥逆，用大承氣湯陽明腑實壹瀉，陰陽氣上下交通，休克、四肢厥冷就好轉。四逆散之厥由於氣機不暢所致四肢厥冷，用疏理氣機之品。四逆散的加減法中 「腹中痛去蔥加芍藥二兩」，取其疏肝理脾作用。仲景後《局方》之逍遙散，張介賓之化肝煎、柴胡疏肝湯都是在四逆散基礎化裁而成，均取其疏肝和脾之功。《本草正義》雲「補血益肝脾真陰，而收攝脾氣之散亂，肝氣之姿橫則白芍也」。因此白芍有平肝、養血、補肝、健脾的作用。
實驗研究證明白芍提取物對於半乳糖胺和黃曲黴素B1所致的大鼠肝損傷與ALT升高，有明顯的抑制作用，赤芍也有保肝的作用。實驗動物中造成的肝損傷，白芍有保肝作用，中醫所講柔肝，實際即保肝的作用。因為肝為剛臟，用養陰柔肝的藥物符合肝的特性。
通利血痹
《神農本草經》載：「芍藥除血痹，破堅積。」有通痹、活血之功，這可能是指赤芍。鱉甲煎丸《金匱》治療瘧母，大黃蟄蟲丸治療肝硬化，桂枝芍藥湯治療歷節，取芍藥活血通絡化瘀的作用。《名醫別錄》陶弘景說芍藥主通順血脈，緩中，散惡血，逐賊血。「惡血」即指瘀血。賊血就是不活動的血，或者離經之血，就是瘀血。
實驗研究證明，芍藥或者芍藥甙有擴張血管，增加器官血流量的作用，赤芍有抗血栓及抗血小板聚集作用，可增加冠狀動脈血流量，降低血壓，增加心輸出量。這在心血管病中，臨床用的是比較多，它本身就是抗血栓和抗血小板凝聚的作用。
清熱止痢
《傷寒論》用黃芩湯治療太陽少陽合病之「嘔吐而下利」。太陽表證和少陽半表半裏證，出現痢疾。黃芩湯是治療痢疾之祖方。成無己在《註解傷寒論》說：「苦以堅之，酸以收之，黃芩芍藥之苦酸，以收斂腸胃之氣。」芍藥還有解痙止痛的作用，黃芩可以清腸中濕熱，它是治療痢疾的主方。後世《活法機要》之黃芩芍藥湯，張潔古之芍藥湯均出自本方加減及延伸。現代臨床對腹痛腹瀉，裏急後重的痢疾、潰瘍性結腸炎、克羅恩病、腸易激綜合征等，有清腸、解痙、止痛作用。
通便泄邪
芍藥本身沒有止瀉的作用，有收斂腸胃之功。芍藥通便泄邪的代表方是麻仁丸，治療脾約證。《傷寒論·太陰篇》說： 「太陰為病，脈弱，其人續自便利，設當行大黃芍藥湯者，宜減之，以其人胃氣弱，易動故也。」太陰病壹般表現為脾陽虛弱，腹痛腹瀉，其人續自便利，如果要用大黃芍藥湯，應該把藥量減輕，以其人胃氣弱，易動故也。所以胃氣弱者不宜用大黃和芍藥，那麽反過來就證明，芍藥有通便的作用。芍藥屬陰寒之藥，大便通利之人用之可能增加大便次數。脈弱、便利為太陰病，若伴腹痛或「大實痛」者芍藥與大黃並用，說明兩者都有泄邪通便的作用，凡脾陽虛弱者慎用。小建中湯中用芍藥主要是止痛，但小建中湯是桂枝湯的底子，加飴糖，主要對中焦虛寒引起的腹痛，臨床上潰瘍病屬脾胃虛寒的，用芍藥止痛，但若大便溏薄者，芍藥的劑量不宜太多。有報道稱芍藥甘草湯治療60例習慣性便秘，效果很好，壹般生白芍用24~40克，生甘草用10~15克。筆者的臨床體驗，單味芍藥，通便效果不好，加枳實壹塊兒用，或伍以生白術，劑量比較大，對於習慣性便秘和老年性便秘有較好的療效。
安胎止漏
如膠艾湯，即是四物湯加阿膠、艾葉。「婦人漏下，或半產漏下」，四物湯裏有芍藥，那麽當歸芍藥散治療「婦人懷妊，腹中絞痛」，就是懷孕後，胎動不安，導致腹痛漏下的。可以用當歸芍藥散，芍藥可以止痛，同時可以收斂止漏下作用。
現代研究芍藥能安胎止漏，可能是由於芍藥對橫紋肌或平滑肌的痙攣有明顯的解痙作用有關。胎動不安，子宮痙攣，芍藥能放松子宮平滑肌，有助於安胎。《實用藥性辭典》：芍藥治療「女人壹切病，胎前產後諸疾」，芍藥是婦科要藥。