首次辦理港澳通行證須本人至戶籍所在地的出入境管理處提交申請，申請材料有：居民身份證和戶口簿的原件及復印件（用A4紙復印，可復印在同壹張紙上）以及填寫《中國公民出入境證件申請表》，2寸淡底色彩照2張（也可現場拍照，費用自付），同時分別申請赴香港、澳門的簽註。只去香港則申請香港簽註，只去澳門則申請澳門簽註，如果香港、澳門都去，則兩地簽註都要申請。
辦理時限自受理之日起10個工作日（首次或非首次申請）。但均不含郵遞日（壹般在五天左右）以及節假日。
費用《往來港澳通行證》每本100元；壹次往來簽註，每個20元，二次往來簽註，每個40元，並外加簽註加註費20元。
2.續簽港澳通行證
本人憑身份證及有效的《往來港澳通行證》辦理，也可代辦，代辦人需攜帶身份證。（不同城市對加簽可能有特殊規定，具體咨詢戶籍所在地出入境管理處，少數城市可以郵寄續簽，如江蘇連雲港市）
辦理時限自受理之日起7個工作日。
費用壹次往來簽註每個20元；二次往來簽註每個40元。並外加簽註加註費20元
特別註意《往來港澳通行證》有效期不足6個月（部分城市是3個月）的或無足夠空白簽註頁的不能辦理，須按首次申請手續辦理新的《往來港澳通行證》，同時申請簽註。