淮海宣揚吉祥，吉祥宣揚仁義玄學，黃渤成為林佶教的發源地之壹。紹興年間(1131-1162)，林佶派禪師楊琦從湖南巍山來到這裏，10年。到了元代，逐漸衰落，寺廟荒廢。明朝洪武二十三年(1390)，禪師在普天俗人周新建的幫助下，休整重修了寺廟，香火大盛。嘉靖三十四年(1555)，倭寇入侵福建沿海，寺廟毀於戰火。隆慶初(1567-1568)，中天和尚發願重修，進京奏藏經。經過八年不成功的等待，他死在了首都。他的弟子建元、靜元繼承遺誌，去了北京。在經歷了六年的嚴寒酷暑之後，他們得到了該城宰相葉的幫助。朝廷賜藏經678封，紫袍三件，同時賜“萬福寺”，沿用至今。寺廟還沒修的時候，建元和凈顏就回到了寺廟，開始修建正殿和佛堂。葉還捐建了壹座藏經閣，寺廟開始衰落並興盛起來。崇禎二年(1629)，修建東溪客館，僧人前往湖州金粟山廣惠寺，邀請密雲武元為住持。崇禎六年(1633)，密雲隱退，費因通讓禪師坐地，袁茵升任西塘。崇禎十年(1637)，隱士對黃柏山方丈萬福寺印象深刻。他遠赴漳州和潮州籌集資金。經過幾年的努力，他修建了大雄寶殿、法堂、山門、齋堂、鐘鼓樓、倉庫、茅舍等30多個地方。與此同時，袁茵還大力提拔林佶宗鋒。清順治十壹年(1654)，袁茵東渡日本，其弟子惠門星佩接任方丈。清乾隆年間(1736-1795)，寺廟再次衰落，清福和尚壹度靠募捐恢復。1928突然被山洪搶走，寺廟損失嚴重。1949年又發生了壹次火災，千年古剎被壹把火把燒毀，藏經和文物被燒光。
1957年春，雖經多方努力，但在唐朝舊址只修建了兩座寺廟和方丈供僧人居住，很難修復整個寺廟。1966年，寺廟瀕臨毀滅。1982年，寺院被列為中國漢族地區重點佛教寺院。1989年4月，福清黃白山萬福寺建設委員會成立，由已故中國佛教協會會長趙樸初任名譽主任，已故福建省佛教協會會長、廈門南普陀寺方丈苗湛任主任，省、國家級開放寺院住持(監)任委員，開始對萬福寺進行修繕。國務院和省人民政府都有資金。在什邡山新的支持下，修復工程的第壹階段於1989年夏天開始。起初重建了壹座600多平方米的佛寺，新建了壹座160平方米的大遼。經過多年努力，特別是在海外僑胞的支持下，黃渤萬福寺重建工程已經完成，現有山門、天王殿、鐘鼓樓、大雄寶殿、達摩殿、禪堂、隱元紀念館等已全部更換。1997 12.8，為重建完成和佛像開光舉行了盛大的慶祝活動。目前寺內還留有三個石槽，其中壹個宋代的石槽上有“春僧生四慈三舍，清五年七月(1045)所建，方丈沙門復修”的銘文。
小檗名山，瀑歌之鄉，梁江淹入福建之地，宰相裴皈依遠祖，葉保護藏書。巖石，洞穴，巖石，山脊，溪流，池塘，水井，泉水，寺廟，教堂，塔和庭院被嚴格列出，形成自己的景觀。釋子白衣，朝野名流，賦詩詠對聯，刻摩崖碑刻，使黨外情趣倍增。
在這個盛世，明朝是重新建立的，梵蒂岡是新的。如果壹個有遠大前程的人走近黃白峰頂，他會大開眼界，洞穴和森林會被真實的物品和石頭覆蓋，這自然會使他受益匪淺。
明·靈樞居士詩雲:
世界上有兩個黃檗，這個中山是真的。從上壹代看碑，和尚看重家鄉人，坐禪壹夜，路過。會更多的祭奠十二祖。