8月1913，10，浙江當局查封了《韓民日報》，以涉嫌“擾亂治安”和“二次革命”逮捕了邵飄萍。他後來告訴自己，“三年來，日本和浙江貪官對立，三次被捕，九月入獄。”他被暗殺了。因為抗袁入獄，三進三出。出獄後，他只在日本獲得臨時避難，在法政大學學習法律和政治。同時給國內報紙寫評論。他還組織了“東京新聞社”，反對袁世凱叛國。1916袁世凱死後，上海《申報》社長石聘請邵飄萍為駐京特派記者。《申報》是當時上海發行量最大的報紙(資格最老，銷路最廣)，他成為中國新聞史上第壹個享有通訊員稱號的記者。他以真正的記者身份出現在公眾面前，深入實際采訪，告訴讀者真實情況，甚至冒著生命危險。
兩年時間，他為《申報》寫了200篇22萬字的《北京專訊》，全部來自前線。他的文章真實、生動、深刻、犀利，分析合理，往往壹針見血，這也是他們在全國家喻戶曉、膾炙人口的原因。
請看他寫的壹篇揭露張劫府軍械的報告《張自由行動》1918二月:“奉天督軍張初歸為馬賊，被提拔為太傅，甚至開除了奉天原督軍、現為都督的段來接替他。“張”這個詞是壹個陌生的名詞，逐漸引起了國內外的關註。至於今天的所謂“大東三省主義”，所謂“奉天會議”，所謂“未來副總統”，所謂“第二個張勛”，總是見諸報端。雖然真相褒貶不壹，褒貶不壹，但被任命為馬賊的張已經足夠驕傲了。”“消息傳來，這有很多原因。當西北雲擾之時，張突然派出壹個大隊，攔截了政府購買的兩萬多支槍，在灤州，在天津觀光。當局不知道他們的命運，商人壹夜之間感到驚訝。”寥寥幾筆就把張這個馬賊出身的軍閥的嘴臉畫得惟妙惟肖，為自己八年後的殺人埋下了最初的伏筆。
1918 10 10月5日，辭去《申報》駐京記者職務，創辦著名的《北京日報》。在他的就職演說《這份報紙為什麽誕生？，他明確提出了他的辦報宗旨，“我們必須從政治教育入手。壹棵樹是堅實的基礎，是九年的規劃，是根本的解決之道。之前政府必須服從正當的民意，就是這份報紙做的！”當初的鮑靜只有他和潘公弼兩人組成，無黨派無派系，沒有特殊權力集團做後盾，主張言論自由，自我定位為民眾表達意見的媒體。很快就受到了讀者的喜愛，名聲也動搖了壹段時間。
從此，邵飄萍走上了艱難的獨立辦報之路。他的言論既不受外國通訊社控制，也不受軍閥操縱，排除了各種幹擾，開創了20世紀中國獨立的新聞事業。他的大書“硬扛”四個大字(取自因反對明朝漢奸嚴嵩而被殺的羊角山所作的詩《硬扛有德有巧文》)掛在報墻上勉勵同僚。他主張記者是“布衣宰相，無冕之王”，“民眾，統治者與被統治者之外的第三者”，主張報紙要監督政府，教育民眾，喚醒民眾。80多年前，在這些思想的支配下，他真的把《北京日報》辦成了人民自己的喉舌(當然，他也為此付出了生命的代價)。
1918 10十月，邵飄萍推動成立了北京大學新聞學研究會，蔡元培聘請他為導師，這是中國新聞教育的開端。那時候北京日報社剛創辦，工作很忙，但他壹直堅持每周上課兩個小時。
1919，10月份，23人拿到壹年期證，32人拿到半年期證。今天再看這個榜單，我們不禁感慨良多。名單上的許多人都是中國最早的領導人，如、高、譚平山、陳公博、羅、楊輝、譚等，以及著名的無政府主義者等人。這55人中有的人壹生從事新聞工作，是中國新聞事業的中堅力量。由此可見其影響之深遠。
1919五月三日晚，五四前夕，是壹個準備直接行動的不眠之夜。在北京大學的“五·三”晚會上，邵飄萍作為新聞學研究會的導師、《國家》雜誌的顧問，發表了慷慨激昂的講話。他大聲疾呼“北大是最高學府，應該站出來動員全體學生救國圖存。他的報紙熱情支持五四運動。8月，邵飄萍被全國通緝，因《北京日報》多次發表揭露和批判政府腐敗的文章，被當時的安福系政府查封，被迫第二次逃往日本。
1920回國。9月17，北京日報復刊。他不僅關註外交、政治、經濟、社會等方面，也關註國家的命運和人民的疾苦。他還依靠社會力量辦各種副刊，形式多樣，豐富多彩。有魯迅、錢、孫伏園、這樣的大學者，也有、焦菊隱這樣當時還不出名的年輕人。
郭松齡在日本關東軍和張的聯合進攻下戰敗身亡。邵飄萍向世人揭露了事件的真相，引起了北方人民的反日反張運動。張對恨之入骨，恨不得壹槍斃了邵飄萍！
1926年四月，張懸賞捉拿邵飄萍，吳也密令在京捉拿邵飄萍。
邵飄萍的老朋友、《大陸報》社長張漢舉被軍閥以薄荷主任的職位和兩萬元的誘餌收買，邵飄萍被騙出使館被捕。
《北京晚報》刊登北京報社被堵的消息後，北京各界(尤其是新聞界)立即組織救援。張學良出面接見13代表時，沒有任何暗示地說:“老教練和(吳)等將領早已作出這樣的決定，壹抓就就地槍斃。”軍閥已經有了殺人的心，所以那天各方的奔走無效。
4月26日淩晨1時，警察署“將邵飄萍帶到戰爭監督執法所，嚴刑拷打，脛骨骨折”，秘密判其死刑，宣告其罪行為:“北京報社主任邵振清勾結紅俄，宣傳紅色，罪行極其滔天。立即處決他，以示警告，實在不可饒恕。”四點半，邵飄萍被押到天橋東刑場。臨刑前，他還向獄官移交說:“妳隨意送！”然後面對尚未露出曙光的天空，笑壹笑，從容而死。才40歲。