康熙二十四年（1685），康熙皇帝南巡北歸時到曲阜祭孔，孔尚任因禦前講《講語》受到褒獎，被任命為國子監博士。於是他便抱著儒家的政治理想，開始了仕宦生活，還寫了壹篇《出山異數記》，表示他對清朝的感激涕零。但僅僅過了壹年，他便在出差淮陽疏浚黃河海口時，接觸到黑暗的社會現實，逐漸認識到吏治的腐敗。回京後，他雖繼任國子監博士等官，卻主要以讀書和搜藏古物來填補閑散的生活；以戲曲、詩歌的創作來抒發抑郁的胸懷。《桃花扇》也就是在這個時期最後脫稿的。《桃花扇》貫註了孔尚任畢生的精力，他說：“予未仕時，每擬作此傳奇，恐聞見未廣，有乖信史；寤歌之餘，僅畫其輪廓，實未飾其藻采也。然獨好誇於密友曰：‘吾有《桃花扇》傳奇，尚秘之枕中。’及索米長安，與僚輩飲宴，亦往往及之。”（《桃花扇本末》）治河期間，他住在泰州，也曾從事劇本的創作。《小說枝談·桃花扇》引《脞語》說：“孔東塘尚任隨孫司空在豐勘裏下河浚河工程，住先映碧棗園中，時譜桃花扇未畢，更闌按拍，歌聲嗚嗚，每壹出成，輒邀映碧***賞。”他自己和朋友也有同樣的記載。同時，他結識了冒辟疆、鄧孝威、杜浚、僧石濤等遺民，得到了不少遺聞和史料，為《桃花扇》的最後定稿做了充分的準備。回京以後，又經過十年慘淡經營和三次易稿，才在康熙三十八年成書，次年因文字禍罷官。二年後，他懷著依戀和激憤的心情離京回鄉。“揮淚酬知己，歌騷問上天。真嫌芳草穢，未信美人妍”（《留別王阮亭先生》）；“詩人不是無情客，戀闕懷鄉壹例心”（《出彰義門》）：便是他當時心情的自白。晚年曾幾次出遊，景況頗為蕭條。
孔尚任的戲劇作品除《桃花扇》外，還家和顧彩合撰的《小忽雷》傳奇。小忽雷是唐代宮中的樂器，段安節《樂府雜錄》載有善彈小忽雷的唐宮女鄭中丞因忤旨“賜”死，為宰相權德輿的舊吏梁厚本所救結為夫婦的傳說。《小忽雷》傳奇即以此為藍本，並牽入當時著名文人白居易、劉禹錫等人的生活，描寫了文士和宦官的鬥爭，主題結構都和《桃花扇》類似，但它的現實意義和藝術成就都遠不及《桃花扇》。