公元前586年，新巴比倫國王尼布甲尼撒二世滅掉猶太王國，拆毀猶太人的聖城耶路撒冷，燒毀聖殿，將國王連同近萬名臣民擄掠到巴比倫，只留下少數最窮的人。這就是歷史上著名的“巴比倫之囚”。猶太人在巴比倫多半淪為奴隸，為尼布甲尼撒修建巴比倫城，直到70年後波斯帝王居魯士到來才拯救了他們。亡國為奴的仇恨使得猶太人刻骨銘心，他們雖無力回天，但卻憑借自己的思想表達自己的憤怒。於是，巴比倫人的“神之門”在猶太人眼裏充滿了罪惡，遭到了詛咒。他們詛咒道：“沙漠裏的野獸和島上的野獸將住在那裏，貓頭鷹要住在那裏，它將永遠無人居住，世世代代無人居住。”
事實上，“巴別”塔早在尼布甲尼撒及其父親之前就已存在，古巴比倫王國的幾位國王都曾進行過整修工作。但外來征服者不斷地將之摧毀。尼布甲尼撒之父那波博來薩建立了新巴比倫王國後，也開始重建“巴別”通天塔，他在銘文中寫道：“巴比倫塔年久失修，因此馬爾杜克命我重建。他要我把塔基牢固地建在地界的胸膛上，而尖頂要直插雲霄。”但尼布甲尼撒之父只將塔建到15米高，尼布甲尼撒自己則“加高塔身，與天齊肩”。塔身的絕大部分和塔頂的馬爾杜克神廟是尼布甲尼撒主持修建的。備受人稱贊的“巴別塔”壹般指的就是那波博來薩父子修建而成的那壹座。
這座塔的規模十分宏大。公元前460年，即塔建成150年後，古希臘歷史學家希羅多德遊覽巴比倫城時，對這座已經受損的塔仍是青睞有加。根據他的記載，通天塔建在許多層巨大的高臺上，這些高臺***有8層，愈高愈小，最上面的高臺上建有馬爾杜克神廟。墻的外沿建有螺旋形的階梯，可以繞塔而上，直達塔頂；塔梯的中腰設有座位，可供歇息。塔基每邊長大約90米，塔高約90米。據19世紀末期的考古學家科爾德維實際的測量和推算，塔基邊長約96米，塔和廟的總高度也是約96米，兩者相差無幾。“巴別”塔是當時巴比倫國內最高的建築，在國內的任何地方都能看到它，人們稱它“通天塔”。也有人稱它是天上諸神前往凡間住所途中的踏腳處，是天路的“驛站”或“旅店”。
人們普遍認為，“巴別”塔是壹座宗教建築。在巴比倫人看來，巴比倫王的王位是馬爾杜克授予的，僧侶是馬爾杜克的仆人，人民需要得到他的庇護。為了取悅他，換取他的恩典，保障國家城市的永固，巴比倫人將“巴別”塔作為禮物敬獻給了他。在“巴別”塔裏，每年都要定期舉行大規模的典禮活動，成群結隊的信徒從全國各地趕來朝拜。根據希羅多德的記載，塔的上下各有壹座馬爾杜克神廟，分別稱上廟和下廟。下廟供有神像。上廟位於塔頂，裏面沒有神像但金碧輝煌，由深藍色的琉璃磚制成並飾以黃金。巴比倫人按照世俗生活的理想來侍奉他們的神靈。大殿內只有壹張大床，床上“鋪設十分豪華”（如同希臘貴族和羅馬貴族，美索不達米亞貴族也是躺著進食），床邊有壹張飾金的桌子。廟裏只住著壹位專門挑選出來陪馬爾杜克尋歡作樂的年輕美貌的女子。僧侶們使人們相信，大神不時地來到廟裏並躺在這張床上休息。只有國王和僧侶才能進入神殿，為馬爾杜克服務和聽取他的教誨；這種超級神聖的東西是同老百姓無緣的，他們只能遠遠地敬拜心目中的神靈，因為如果近在咫尺，普通人經受不起大神的目光。據希羅多德記載，神像和附屬物品壹***用去黃金800泰侖，折合現價約值2400萬美元。考古學家曾經在僧侶的壹住處發現壹只石鴨，上有銘文“準秤壹泰侖”，石鴨約重29.68公斤。如果希羅多德的記載可靠，則照此推算，馬爾杜克神像連同附件壹***重約23700公斤，都是純金所鑄或制作！除了神靈，誰能享受如此高的禮遇？
考古學家和歷史學家認為，巴別塔除了奉祀聖靈還有另外兩個用途。其壹是尼布甲尼撒二世借神的形象顯示個人的榮耀和威嚴，以求永垂不朽。其二是討好僧侶集團，換取他們的支持以便穩固江山。美索不達米亞是壹個宗教盛行的地方，神廟林立，僧侶眾多。僧侶不僅在意識形態上影響著人民，而且掌握著大量土地和財富，如果不在政治上得到他們的支持，恐怕王位也會風雨飄搖。這種憂慮不是多余的，據歷史學家研究，尼布甲尼撒之後，新巴比倫王國迅速衰落，以致波斯人不費壹兵壹卒就占領了巴比倫城，這與失去僧侶集團的支持有莫大關系。
公元前1世紀的希臘歷史學家認為，“巴別”塔是壹個天象觀測臺。新巴比倫人信仰拜星教，星體就是神，在他們的神話中，馬爾杜克是木星。新巴比倫王國的僧侶們神秘地登上塔頂，難道真的是侍奉半躺在床上的馬爾杜克大神嗎？對此希羅多德頗不以為然，現代學者更不相信，說不定正是他們半躺在床上觀測天象呢！而且，人類早期的天文知識直接產生於宗教和巫術之中，掌握這些知識的多是僧侶。新巴比倫人取得了當時世界最傑出的天文學成就，這座塔的功勞恐怕不可抹殺。
也有人認為，“巴別”塔是多功能的。塔的底層是祭祀用的神廟，塔頂則是用於軍事瞭望的哨所。