宋金時期，南陽武侯祠屢遭士兵破壞。宋紹興八年(1138)，嶽飛“遊南陽武侯祠”時，含淚寫了壹個諸葛亮前後的模型，“以解其郁”。元大德二年(1298)，南陽督軍馬哈馬主持修復南陽臥龍崗武侯祠，並砍附近田地200畝作為新年香燭。元至正二年(1309)，河南平章政要何偉到南陽，指示地方官擴建臥龍崗武侯祠。元祐二年(1315)，元仁宗與翰林就平章之政相約，將南陽臥龍崗古景區命名為“武侯祠”。明朝嘉靖七年(1528)，明世宗“恩寵”南陽臥龍崗武侯祠殿額，頒布祭文，定下春秋二節的日期和祭祀，並命地方官按期祭祀。後來，嘉靖十八年(1539)三月八日，又特別任命徐。自此，南陽臥龍崗武侯祠的地位倍增，祠廟規模更加壯觀，吸引了更多的政府官員和學者前來朝拜贊美，極大地豐富了南陽臥龍崗武侯祠的文化內涵。
清代南陽臥龍崗武侯祠多次修繕，規模宏偉。如今，臥龍崗武侯祠基本保持了元明時期的布局風格，其木結構建築多為明清時期改建或加建。康熙五十年(1711)，知府羅京主持了武侯祠的大修，增修廟宇，新開廊亭，積土為山，積石為峰，並根據歷代詩詞和諸葛亮“耕田”時的生活起居對石刻進行了修復，這次修復對後世影響很大，奠定了今天臥龍崗武侯祠的規模乾隆年間，出現了“金冠寺美，龍崗今更香”的景象。
新中國成立後，黨和政府十分重視南陽臥龍崗武侯祠的維修和保護。大歷史學家郭沫若先生於1959年賜南陽國號武侯祠，並於1973年題詞“諸葛曹璐”。南陽市委市政府高瞻遠矚，站在提高南陽知名度、發展南陽經濟的高度，提出了“恢復和再現臥龍崗諸葛亮耕田歷史原貌，改善武侯祠旅遊環境，提升品位，豐富內涵，以物取勝，以景取人”的指導思想，不斷深入調查研究，給予具體指導和規劃，使南陽臥龍崗武侯祠發生了有史以來最大的、令人矚目的變化。
位於其中的南陽武侯祠和南陽博物館，結合自身的展示優勢和旅遊資源，先後組織了諸葛亮與南陽蠟像展，反映了諸葛亮隱居南陽、徐庶三訪薦賢與劉備的歷史畫面，再現了嶽飛抗金途中途經南陽，在武侯祠留宿的情景。祭祀武侯的《嶽飛夜書》蠟像展，再現諸葛亮在南陽耕田時與友人談話的《諸葛亮友人蠟像展》，融合南陽舞蹈音樂與科技精華、再現漢代南陽輝煌歷史文化的漢代文化園大型綜合展，以及通過館藏十八羅漢、宗教造像、建築構件等文物向觀眾展示的古代宗教與建築雕塑藝術。