明清時期，福建作為北方大動亂大後方的格局發生了變化。自明朝中葉以來，日本海賊不斷騷擾東南沿海，福建深受其害。後來清軍南下，南明、鄭政權先後以閩臺兩省為反清根據地。近代以來，福建首當其沖受到外國資本主義的侵略。在這壹歷史背景下，福建愛國主義文學應運而生，其代表人物有余、黃道周、、、、鄭靜、盧若騰、林則徐、、謝、林長義等。他們可能表達愛國主義和崇高的願望；或者歌頌愛國軍人英勇殺敵；或憂國憂民，哀國興亡，利人利己；或者痛斥清朝的腐敗無能，以及投降派的貪生怕死；或者揭露侵略者的暴行。黃道周是明末著名的反清人物。他被俘後，寫下了《言八章》、《自哀八章》、《怨八章》等詩篇，哀嘆國家的衰落，責怪奸臣的錯誤。他壹生都在追求“古之君子，壹時不好，來世必好；百年不報，千古不報”(《黃漳浦集》卷三十六)。鄭成功在他輝煌的抗清抗荷壹生中，寫下了壹些充滿民族氣節的詩篇。如《復臺》:“十年復基業，始開靜鎮驅荷夷。天恒尚有三千客，蘑菇難離。”(《延平二王遺風集》)體現了同仇敵愾、光復國家的遠大誌向。明朝亡後，陸若騰堅持反清鬥爭。戰敗後，他在晉、夏生活了十幾年。陸若騰寫下了巨大的財富，其中最珍貴的是描寫臺灣省的愛國詩。如長詩《西遊記》描寫了鄭成功把荷蘭趕回臺灣、在臺灣省建立政權、擴建寶島等不朽功績。1840鴉片戰爭前後，林則徐寫了壹些反映鬥爭的詩歌，表達了他在禁煙和英國侵略的激烈鬥爭中的愛國情懷。例如，雲前輩的詞“高陽臺韻”描述了虎門鴉片毀滅中國人民的雄心壯誌的壯舉。林則徐禁煙的勝利，切斷了壹小撮漢奸從鴉片中牟取暴利的財源，因此遭到攻擊和誹謗。對此，林則徐以國家和民族的利益為重，毫不動搖，對肖驍不屑壹顧:“野人煙掃妖魔，論辯以公樹法。域外貪吃狼喜其耳，願教其吞龍”(《雲左山房詩話·第二韻·長老易雲》卷五)。在同壹時期，福建詩人張吉亮寫了大量反映鴉片戰爭時事的詩歌，表現了他的愛國主義精神。詩人充滿了強烈的愛恨情仇，如對英勇殺敵至死的民族英雄致以無限敬意:“慷慨殺敵萬酋長，大節將至。”然後命他壹個人死，在他眼裏他還是活著的”(《四伯子堂詩集》卷三十二)。相反，詩人諷刺那些軟弱無能怕死的人:“寧波兵數百，前途無色。我不知道先做什麽，先生。”(《四伯子堂詩集》卷三十)在近代福建愛國文人中，林長漪以其獨具特色的射雕塔詩聞名文壇。作者通過評論詩歌來表達自己的愛國反帝情懷，“射鷹”就是“射英國人”。《石華》記載了魏源、林則徐、張維平、朱祁、張吉亮等多位愛國誌士的詩文編年史，並進壹步以議論的方式批判時政，時代感強，具有較高的文學價值和史料價值。
李士雄、熊興林、許由等明末遺民，沒有在新朝任職，而是逃往深山，隱居鄉間。他們堅守民族氣節，忠貞不渝。他的作品可能懷念祖國，抒發亡國之痛；或慨嘆人生亂世，哀嘆人們生活的艱辛；還是樂天知命，耕田，寄情於山川。慷慨悲歌的精神變成了山川、風浪的聲音。
近代福建受到外來資本主義的入侵，但也較早地接受了西方的思想和文學。福建產生了兩位翻譯巨人——嚴復和林紓。嚴復在翻譯史上最重要的貢獻是“信達雅”理論，這壹理論長期以來被翻譯界奉為圭臬。他還在自己的翻譯中實踐了這壹理論。《天演論》、《群學之見》等譯著雖屬學術著作，但其譯文樸實典雅，具有較高的文學價值。林紓雖然不懂外語，但在王守昌、魏毅、陳嘉霖等人的合作下，他以驚人的速度翻譯了200多種外國文學作品，涉及英、法、美、俄等十多個國家。其中比較著名的有《茶花女的遺產》、《黑奴籲天錄》、《搶劫後撒克遜英雄簡介》、《余生壹塊肉》(大衛·科波菲爾)、《伊索寓言》等。其實他的翻譯是再創作，追求神似，優美流暢的風格，轟動了壹代文壇，影響廣泛。
明清福建詩壇盛行復古風。《景芝居詩話》雲:“明三百年詩風屢變，不可獨善閩粵。”福建詩歌的復古風格由張怡寧、藍人、蘭芝等人開創，在閩中達到頂峰，成為中國五大區域詩歌流派之壹。在這十位哲學家中，林鴻和高錕高度贊揚唐代的語音和聲調，所有的意大利句子都是以盛唐為基礎的。音調圓潤穩健，格律工整，這也是福建詩人率以此為基礎，逐漸形成“閩詩派”，又稱“晉安詩派”的原因。後來的鄭是“壹個精神很強的人，和招徠中原的人差不多”(王世茂:《藝苑集》)。到了明朝末年，還有徐？曹學佺等。
清末全國出現“同光派”，稱霸文壇。同光宗的開創者是福建後朝官員陳艷，他主張詩歌要上承宋代，下至韓愈、杜甫，“要有學者的根基，要有詩人的氣質”。這是現代宋詩運動的壹大特色。同光派之後，按地域分為福建、江西、浙江三派。其中以、鄭、沈毓卿、陳等為代表的福建學派最為突出。前兩個流派與江西的陳壹起，是同光三大家。
明清時期，民族文學中壹個突出的現象是出現了《西遊記》《三國演義》《水滸傳》《紅樓夢》《金瓶梅》《儒林外史》等古典小說名著。雖然福建略遜壹籌，但也出現了幾部具有地方色彩的小說。《聊齋誌異》描寫了閩南泉州青年陳三與廣東潮州黃武娘的愛情悲歡離合。在福建、臺灣省和東南亞廣為流傳五六百年，搬上戲劇舞臺，幾乎流傳到每個人，影響很大。《臺灣省外記》記述了鄭誌龍、鄭成功、鄭靜三代人的反清活動。小說聚焦鄭之龍和鄭成功截然不同的性格和對清軍南下的不同態度，通過對比的方式揭示了他們在明末清初不同的人生軌跡和社會面貌。《杜敏別記》沒有貫穿始終的中心人物，而是由無數個故事組成。內容涉及面很廣，有青年男女的愛情，有貪官汙吏、土豪劣紳的欺淩，有俠女義士的奇聞軼事，有神仙救人辟邪的神話，有民間傳說和歷史故事。小說中的“唐錚”、“王小姐”、“有寶無財”幾百年來壹直為人們所喜愛。《花月痕》的作者魏秀仁以自己的經歷創造了兩條道路:魏和韓的貧困。魏的貧窮和悲哀是作者生活的寫照，而韓則表現了作者想有壹番作為的理想。這本書是現代狹邪小說的代表作，是後世鴛鴦蝴蝶派的起源。《馮祺記》、《杜敏別記》、《劉樺夢》等小說廣泛使用閩南語和福州話，表現了大量的福建風情，使地方色彩更加濃郁。