1，對象不同。西晉末年至北魏(304-439)統壹中原期間，北方五大民族內遷，在中國北方和四川建立政權，其中16個國家命名為戰國。蕪湖指匈奴、鮮卑、羯、邊、羌；
東晉十六國指東晉，因公元317年鎮守建康(今南靖)的司馬睿而得名。“十六國”的歷史，源於北魏崔弘所著的《十六國春秋》:“五梁，四燕，三秦，二趙，夏為十六”。從公元304年匈奴貴族劉淵建立漢朝，到316年滅西晉，再到439年統壹北方，100多年。
先後建立了前趙(匈奴)、後趙(桀)、前燕(鮮卑)、前梁(漢)、前秦(邊)、後秦(羌)、後燕(鮮卑)、西秦(鮮卑)、後梁(邊)、南梁(鮮卑)。
2.概念不同。五湖十六國主要講北方十六個備選少數民族政權；東晉十六國是東晉建立後，東晉及其與十六國對抗的歷史。
3.開始時間不同。蕪湖十六國始於西晉末年公元304年。東晉十六國始於西晉滅亡後的公元317年。
參考資料:
百度百科-東晉十六國
百度百科-十六國