弘光元年五月(清順治二年1645)，南靖失陷，斧王政權結束，陳子龍在南靖避難。陳洪範，壹個老朋友，已經倒向清朝，並派人來愛撫他和夏。夏易雲拒絕回答，但避開了。另壹位學者洪恩炳和陳子龍“舉行了弟子儀式”，他們也定居下來。他們自稱“安撫使”，路過松江求見。陳子龍也轉過頭去，決心堅持反清立場。六月，江南諸郡“爭光復”，組織起義軍，開展轟轟烈烈的反清運動。出生在松江府的明朝官員也在城內招募士兵對抗清朝。這時，陳子龍、許福源和胡琛只是聚集了數千人駐紮在胡琛，等待機會出現。夏發函聯絡吳淞副司令吳誌奎，總指揮率3000水兵從吳淞入茅湖。連長黃飛帶領1000艘船和2萬名水兵從無錫出發在這裏會合。正月初十，陳子龍設明太祖為起義誓師。原明朝兩廣總督沈有龍稱總督兵部尚書，陳子龍稱獄軍左使事，號角聲為“真武”。雖然陳子龍的民兵有壹千多名士兵，但他們“無力支付”，許多漁民不懂紀律，從未打過仗，這是非常無用的。他們用吳誌奎的水師攻蘇州失敗了。黃妃不聽陳子龍的勸阻，將兩萬水兵移至黃浦江。由於沿途水路狹窄，不利輪換，單線數十裏，首尾不對應。只維持了兩個月，也是被清軍打敗。八月三日，松江失陷，沈有龍被殺。陳子龍在城西遇到清兵，不得不帶著家人逃到昆山。夏被淹死了。
接著，陳子龍投靠青浦縣金澤，最後進入嘉善縣陶莊水月寺，隱姓埋名，受委托為僧，名辛仲，字瓢粟，名潁川益銘。在這裏，他師從尼姑僧人雁門學佛，完成了自己的編年史。
弘光元年六月，魯王朱彜海督紹。六月，唐王朱被授予撫州稱號。魯王任命陳子龍為兵部尚書，掌管七省軍權。唐王封他為兵部左侍郎兼左都禦史顧問。
自清軍攻破揚州後，吳江進士吳儀、同城舉人孫兆奎等* * *集團組成“白腰黨”反清，糾集千余人，在太湖安營紮寨，甚至攻打嘉善。順治三年春(1646)，在烏江胡芬湖(胡芬湖)與蘇州清兵交戰，大敗清軍，“斬獲太多”。陳子龍向魯王報告了這個好消息。魯王封吳懿為“長興伯”，命陳子龍為浙直之師。5月，拜訪了吳。後來，陳子龍見他“輕敵，眾客輕狂，而眾將不過是掠奪，分工不全”，“軍紀漸懈”，就和他斷絕了關系。秋天，武義被捕，義師失敗。此時，由於“復明”大業的失敗，陳子龍常常哀嘆而入睡。又聽說浙東、福州淪陷，“不想活了，寂寞孤獨，四處流浪。”他哭著說:“廣闊的世界將是安全的，但長母的葬禮將是第壹步。”即七月，送家人回李，十壹月，安葬祖母於廣富林。還立長書燒夏易雲墓，“述其未死，不擔夏公。”順治四年(1647)初，我在廣福林家的時候，夏等懷念我壹生的朋友散了壹陣子，周已經死了好幾年了，我卻沒有提起。我說:“如果我死了，誰來為此做？”於是我捐地埋了。三月，和下葬。他們寫了兩章詩和兩個詞，寒食和清明，這是他們死前留下的最後壹句話。
清代松江知府吳是遼東人，所以能調到江南。他的員工都是吳越人。順治四年四月，吳與江寧總督國寶發生矛盾，總督軍務上告江南，要洪承疇非法接受吳儀的“白腰黨”投降，於是密謀起兵反清。他的部下智代是長洲的學生，是陳子龍的老朋友。他們積極支持吳起兵，並隱姓埋名私訪，多次要求寫信聯絡黃道周(陳佐時飾)的宗族和舟山警備司令黃賓卿率領船政司。認為黃等人“徒有虛名，不守信用”，不同意戴的要求。他還說:海裏有很多使者，妳要保重，我絕不會阻止他們。穿遠了，“自然不再聽對方”(1)。六月十六日，因不去出兵而被捕，又因治理不善而下獄。清軍誣指、吳“圖謀不軌”，派兵抓捕。後改姓李，改名為大尊，先躲藏在嘉定侯琦的仆人家中。後來逃到昆山的哥哥顧天魁那裏。當時的清江寧將軍巴山、曹江都禦史陳進、江寧巡撫塗密謀利用吳之事，以為首“滅三吳名將”。5月初，他們派出500名手拿弓箭的士兵，壹觸即發，在宿松地區搜索了五六天。最後，由於陳子龍的仆人不小心泄露了他的住所，陳子龍在吳縣譚山的古天魁墓被捕。巴山等人審問他，他“不屈不撓，不改。”陳進問他為什麽做官？嶽:“我掌管崇禎軍師。”又問:為什麽不剃頭？他說:“我只想留下這根頭發，這樣我就可以在地下看到我已故的皇帝了。”再問壹次，陳子龍筆直地站著，拒絕回答。是舟持之，卒能守之。
5月13日(15年6月)，陳子龍被押往南京。在松江跨塘橋途中，猝不及防，突然溺水身亡。當他撈出來的時候，他已經死了。清軍還殘忍地將其斬首，棄屍水中。他四十歲了。第二天，陳子龍的門生王允和轎夫吳友在竹港發現了他的屍體，並把它埋在棺材裏。龍鐘，石《》
陳子龍不僅是明清之際不屈的反清鬥士，而且在當時的文壇上也頗有名氣。他的“天生異才，致力於事業，對待古詩文，采用魏晉之法，尤其是駢文之體”。雖然他有復古的思想和觀念，但他特別強調文學創作的社會意義。他是明代最後壹位結束復古詩歌創作的大詩人，也是清初第壹位開創詩歌表現性情、反映現實新風格的大詩人。他的各種體裁的作品大多收錄在清嘉慶八年(1803)出版的《陳忠禹全集》中。