仙遊位於福建省東南沿海中部，縣域東西寬49公裏，南北長63.4公裏。瀕臨湄洲灣，緊鄰秀嶼港，距省會福州130公裏，距經濟特區廈門153公裏，距莆田市區44公裏，與寶島臺灣省隔海相望。全縣總面積1835平方公裏，占莆田市的44%。境內“七山壹水兩田”，其中山地203.7萬畝，耕地42.6萬畝，林地1.777萬畝，灘塗3085畝。
仙遊山川秀美，氣候宜人。縣城整體地勢順著木蘭溪，西北高，東南低，形成馬蹄形。沿海地區，平原和山區是截然不同的。著名的東西鄉平原是魚米之鄉、糖之鄉，東北角的興泰裏、西北角的仙遊山是著名的珍稀林區。