清代檔案內容極其豐富，涉及政治、經濟、軍事、文化、外交、宗教、教育、司法、民族、風俗、天文、地理、氣象、水利、地震、災害、外國侵華、農民戰爭、宮廷生活、皇室事務、法律法規等各個方面。
清代檔案的發現。
清光緒二十四年、五年（1898、1899），內閣府庫因雨水滲漏年久失修，需要修繕。為了方便施工，存放在圖書館的壹部分檔案將被移走並暫時存放在圖書館北部的文華廳，其余部分仍暴露在圖書館的墻壁中。厚春親王攝政需要查閱清初多爾袞攝政大典的舊檔案，但無法查閱。因此，他認為圖書館裏無用的文件太多了，所以他要求他們燒掉它們，並得到了批準。當時，張之洞以大學生的身份管理系務，並邀請大圖書館收藏的圖書上交系部，設立系館。該系輔導員羅振宇參與交接。羅振玉“看見朝廷裏堆著的紅書，高如小山和土堆，都按時間順序排列，結尾整齊”，偶爾讀其中兩本，壹本是乾隆年間漕運總督掌管漕運時的奏折；另壹個是乾隆年間兵部尚書阿貴征金川時的紀念碑，兩者第二次相連。羅振宇“問為什麽產品在法院。開始時玩和燒東西很重要，它不應該被破壞。”強烈建議張之洞播放並停止燃燒，並將應燃燒的部分交給部門並存放在國子監薛楠大廳和部門。
民國成立後，教育部接管了清部保管的檔案。1913教育部在國子監設立了歷史博物館籌備處，專門負責保管清朝的檔案。1916辦公地點遷移至午門，並將國子監及本部原有檔案遷移至午門、端門。然而這些珍貴的檔案並沒有得到妥善保管，只有相對完整的檔案被挑選出來放在午門的大門上，其余的檔案被裝在麻袋裏放在端門的門口。1921年，政府財政困難時，教育部以4000元的價格將存放在端門洞的8000麻袋（約15萬斤）檔案賣給了北京西單通茂增智店，作為造紙的原料。羅振玉得知此事後，以原價三倍的價格即1.2萬元買回了這批檔案，這批珍貴的清朝檔案壹直保存至今。這就是檔案史上著名的“八千麻袋事件”。
清代檔案整理。
清代檔案數量眾多、種類繁多、內容復雜、形式多樣，不利於保管和利用，必須進行系統整理。
首先，檔案分為全宗。全宗是指壹個獨立的機關、組織或名人在各種活動中形成的所有檔案。整族原則是當今世界檔案界公認的壹項檔案整理原則。歸檔必須以整個宗族為單位，同壹宗族的檔案不得分散，不同宗族的檔案不得混放在壹起。只有這樣才能保持文件之間的歷史關系，便於管理和利用。
在區分全宗後，需要對檔案進行分類，即根據不同的標準將每個全宗檔案分為不同的類別，然後在每個類別下分為不同的項目，然後在每個項目下再細分子項目。常用的分類方法包括:按文件名稱（語言類型）分類、按問題分類、按機構分類、按年份分類、按年份分類等。
全族中的檔案歸類後，應根據檔案的不同情況進行歸檔，即根據檔案的特點，如原因、名稱、作者、收發機關、時間和地區等，將單個檔案組成檔案。檔案是文件最基本的存儲、統計和檢索單位。清代檔案歸檔可分為詳細歸檔和簡單歸檔。詳細歸檔要求對卷內文件逐壹進行整理、排列和編號，並填寫“卷內文件目錄”和“卷末參考表”。簡單的歸檔不需要逐壹拾取，只需按順序排列，並附上參考表。
以上整理後，還需要編制檔案目錄、名片等檢索工具，做到有章可循、有目的可查。
清代檔案收藏。
中國第壹歷史檔案館藏有清代檔案900多萬件。包括清朝入關前九年（1607）、順治元年（1644）至入關後宣彤三年（1911）以及末代皇帝溥儀退位後居住在紫禁城和天津的張遠、靜園（6544）在內的內閣、兵部和共有73例。除漢文檔案外，還有滿文、蒙古文、藏文等少數民族文字的檔案，以及英文、日文、俄文、拉丁文等外文檔案。
中國第壹歷史檔案館所藏清朝檔案幾乎涉及清朝歷史的方方面面:內政方面，包括官職、官制、警護、禮儀、宮廷、墓葬、戊戌變法、預備立憲等；軍事事務，包括營制、武職官員的晉升和薪酬、軍事訓練、軍事工程等等；在外交方面，它包括邊境承包，開放港口進行貿易，支付和雇傭聯系人等。鎮壓人民反抗包括鎮壓太平天國、撚軍、義和團運動、辛亥革命等反清鬥爭和秘密結社。民族事務包括從清朝到宣彤結束的30多個民族的情況，包括瑤族、黎族、蒙古族、回族、藏族、維吾爾族、傣族、高山族和哈薩克族。財政，包括稅收、鹽務、捐運、倉儲、倉儲、漕運、基金、貨幣和金融；在文化和教育方面，它包括有關科舉考試、國子監、各種書法圖書館、晚清舉辦的各種學校和文學監獄的檔案以及少量戲曲檔案；工業交通，包括驛站、車站，清末鐵路的修建，以及郵電業務的開通；司法方面，包括土地房屋糾紛、金錢債務糾紛、盜竊詐騙案件、家庭婚姻糾紛、貪汙賄賂等刑事、民事案件；天文地理包括編纂出版歷書，記錄日月星辰的變化、日食、地震等。
位於臺灣省臺北市郊區雙溪的國立故宮博物院是另壹個清朝檔案集中保存中心。院內有清代檔案204箱。其中宮廷檔案31例，兵部檔案47例，清史檔案61例，日常登記50例，傳記記錄9例，詔書2例，圖書1例，舊滿洲檔案1例，雜項檔案2例，共計40余萬件。宮殿的內容主要是滿文和漢文的朱批奏折及其附件；軍部檔案主要分為兩類:月折包和檔案冊；國史館檔案包括清代國史館檔案和民國初年清史館檔案，主要包括紀、誌、表、傳的各種手稿和相關資料。
四川省檔案館現有清代檔案11.5萬余卷，包括巴縣、重慶、川東、建昌等地的檔案。其中，霸縣檔案是中國現存最早、規模最大的清代地方政府檔案，從乾隆二十二年（1757）到宣彤三年（1911）有11.3萬余卷的歷史。
遼寧省檔案館現有清代檔案20余萬卷。從天命、天聰（1616~1635）到光緒、宣彤（1875-1911）的歷代文獻都保存了下來，其中壹些文獻最初存放在沈陽紫禁城崇謨。壹部分是偽滿洲國時期國立奉天圖書館保存的奉天交涉總司、盛京將軍及部分縣的檔案。
此外，山東曲阜孔府收藏了從順治到宣彤的6527卷檔案。西藏自治區檔案館藏有大量清代藏文檔案。北京、吉林、黑龍江、內蒙古、青海等地方檔案館都存有不同數量的清代檔案。
值得壹提的是，目前仍有許多珍貴的清朝檔案散落在國外和世界各地。這部分檔案主要存在於以下機構:英國公共檔案館、大英博物館、倫敦大學；美國國家檔案館、國會圖書館、哈佛大學、斯坦福大學、東方圖書館；前蘇聯科學院以及法國、荷蘭等國的壹些檔案館和圖書館。
清代檔案出版。
用青花雲龍紋瓶編刊檔案史料是打開清代檔案利用的重要途徑。清代檔案編纂可以從不同角度、不同需要將檔案史料編纂成書出版。它具有主題性強、內容集中、使用方便等優點。，使用戶不用去檔案館就能閱讀到所需的檔案史料，有利於檔案的長期廣泛流通。大多數檔案文獻的編纂都經過了編輯的核實、加工和標點，其中壹些文獻有評論、註釋、序言、插圖、年表、實例等。，對讀者有壹定的指導和參考作用。許多檔案文獻集相繼出版。如《籌備外交始末》、《帝國主義與中國海關》、《清代舊金山史料》、《清代外交史料》、《中法戰爭》、《辛亥革命》、《天地會》、《義和團運動史料》、《洋務運動史料》、《康熙府邸筆記》、《戊戌變法檔案史料》等。
1981以來出版的《歷史檔案（季刊）》雜誌是壹份專註於明清檔案出版的知識性、學術性刊物。主要出版第壹歷史檔案館的檔案，設有檔案歷史、檔案介紹、檔案介紹、檔案圖書評價等欄目。
臺灣省省立故宮博物院自1969年起出版《故宮檔案》（季刊），並定期出版《清代歷史檔案》。
清代檔案的歷史價值。
這些保存至今的清代檔案，是17世紀初至20世紀初300多年歷史的真實記錄，是我國保存最大、最集中的古代檔案，是研究清史的第壹手資料。清代學者章學誠曾高度評價檔案的史料價值。檔案是最真實、最可靠的第壹手史料，可以“彌補歷史的不足、參考歷史的錯誤、歷史的細節、歷史的延續的不足。”
中國自古以來就有利用檔案編纂史誌的優良傳統，而檔案通常存放的地方就是史誌編纂的地方。乾隆三十年十二月，《居居筆記》（本草）所引檔案近二十種。清代學者龔自珍利用檔案資料編纂了《蒙古地圖集》。阮奎生每次遇到值夜班時，他“推三枝蠟，晚上卻不厭其煩地瀏覽（檔案）”，並由此寫成《茶客漫談》壹書。
檔案作為壹種歷史資料，也有其自身的局限性，即不完整性。就反映壹個復雜的歷史過程而言，檔案可以具體、詳細、生動地反映壹個特定的過程。但對於整個過程來說，反映的歷史事實要麽缺乏開端，要麽沒有結果，要麽缺乏壹個過程或環節，這往往是由於年代、自然災害和自然破壞造成的，而不像系統的歷史著作那樣可以系統地反映歷史事件的背景和全貌。此外，總的來說，檔案是原始的歷史記錄，是真實的。但並不是每壹份檔案都是可信的，要麽是贗品，要麽是真品，但由於各種復雜的因素，其記錄已經嚴重失實。“完全信任檔案總比沒有檔案好”，因此有時有必要使用書籍和其他文件來補充檔案的不足。