1.商業模式不同:JD.COM新百貨是壹個向第三方賣家開放的平臺。商品由商家自行經營、配送、提供售後服務，JD.COM主要作為平臺進行監管，保障交易安全；JD。COM自營是由JD.COM集團直接采購銷售的商品模式，商品由JD.COM統壹倉儲、配送並提供售後服務。
2.貨源和品控不同:JD.COM新百貨的商品質量更多取決於入駐商家，消費者在購買時要註意店鋪口碑和商品評價；JD。COM的自我管理對商品質量的控制更為嚴格。貨物入庫前，會經過京東。COM自己的品控流程，而且正品的保證相對更高。
3.服務體驗不壹樣:JD.COM新百貨無庫存壓力，無退貨之憂，無退換貨服務，無快遞費用(如果用戶發現是從JD.COM新百貨買的貨，沒有下單也沒有發貨，或者根本沒有物流問題)；JD.COM通常可以享受到JD.COM快速高效的物流配送服務(如京東快遞)和規範的退換貨政策。