首先，名稱不同:
1.國務院各部門的名稱分別稱為“部、委、行、局”。除了中國人民銀行，都是以“中華人民共和國”開頭。這裏的“中國人民和共和國”既是壹個國家概念，也是壹個地區概念。
2.國務院直屬機構中，除中華人民共和國、海關總署、國務院參事室外，其他機構名稱多為“國家X（總）局”，對外交往中可在名稱前加“中華人民共和國”或“中國”。這些機構的名稱是“國家”，以區別於地方政府的相應機構。例如，國家醫保局將在這次機構改革中成立。
第二，功能不同
1.國務院由若幹部門組成，分別依法履行國務院的基本行政職能。
2.國務院直屬機構主管國務院的壹項專門業務，具有獨立的行政職能。
第三，行政主體不同:
從法律角度看，二者的主要區別在於是否具有行政主體地位。國務院直屬事業單位具有獨立的行政主體資格。國務院直屬機構不是國家行政機關，但其中壹些機構經中華人民共和國和國務院授權行使某些行政職能，而國務院的部門沒有獨立的行政主體地位（法律法規授權的除外）。
中國新聞網-兩會知多少:國務院機構中的“部委”有什麽區別
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