公司章程不僅對公司股東具有約束力，對公司、董事、監事、高級管理人員也具有約束力，而股東協議只對簽署協議的股東具有約束力。
制定和修改的方式不同。
公司章程的制定和修改應遵循“少數決定多數”的原則，壹般無需全體股東壹致同意，但股東協議的制定和修改需要簽署協議的股東壹致同意。
對公司的重要程度不同。
公司章程是公司設立和存續的必備法律文件，是公司制定其他規章制度的基本法，而股東協議不是公司設立和存續的必備法律文件(有限責任公司形式的外商投資企業股東設立協議除外)。
不同程度的宣傳
公司章程是公開的，股東和其他利益相關者可以依法查閱公司章程，而股東協議沒有向當事人以外的人披露的義務，部分股東協議還規定了保密義務。
法律依據:
《中華人民共和國公司法》第十壹條* * *設立公司，必須依法制定公司章程。本章程對公司、股東、董事、監事和高級管理人員具有約束力。