1.不同的用途
傳統財務會計壹般向股東或高層管理者提供財務數據，而阿米巴會計提供的數據是向企業中有阿米巴管理行為的人提供的。
2.計算周期不同。
傳統財務會計壹般以月或年為周期，對過去較長時期的財務數據進行統計分析，而商業會計以日、周、月、年為周期，對短期經營狀況的數據進行統計分析，為經營者提供經營決策依據。
3.計算標準不同
傳統財務會計是嚴格按照企業會計原則、財務報表規則、商法、稅法等設計的。商業會計是根據業務類型和規模、企業組織、主要產品、區域和不同項目，建立壹個可以獨立計算每個單位的收入和成本的系統，並可以計算單位時間內阿米巴單位的增加值。
4.計算對象不同
傳統財務會計報表全面掌握公司的整體費用、收入和資產情況。通過合並決算系統，從公司到企業和企業集團的計算對象不斷整合。阿米巴經營會計報表的管理對象不限於公司類別，而是按照業務類別、部門類別（如制造和銷售）、業務類別、地區類別、商品組類別、工程類別、項目類別和客戶企業類別來把握。