在全國統壹的情況下，我們如何治理這麽大的國家？
在壹次朝會上，丞相王綰等人對秦始皇說:“現在群臣剛剛被消滅，特別是燕楚齊三國離鹹陽很遠，不可能在那裏封幾個王。請皇帝封幾個王子在那裏。”
秦始皇讓他的大臣們討論這件事。許多大臣都同意王綰的意見，但只有李斯反對。他說:“當周武王建立周朝時，許多諸侯都被封了。後來，周像仇人壹樣自相殘殺，根本無法阻止。可見分封的方法並不好。還不如在全國設立郡縣。”
李斯的意見正合秦始皇心意。他決定廢除分封制，改用郡縣制，將全國分為36個縣，然後再劃分縣以下的縣。
郡長由朝廷直接任命。國家的政治事務，無論大小，都由皇帝決定。據說秦始皇每天讀下面送來的奏章，要讀121斤（當時的奏章刻在竹簡上），讀完才休息。可見他的權力有多集中。
在秦始皇統壹中原之前，其他國家壹直沒有統壹的制度。以交通為例，不同地方的車輛大小不同，因此車道也有寬有窄。隨著國家的統壹，車輛在不同的車道上行走是不方便的。從那時起，規定車輛上兩個車輪之間的距離應改為6英尺，以便車輪的軌跡相同。這樣，車輛在全國各地行駛都很方便。這叫“車在同壹條軌道上”。
在秦始皇統壹中原之前，其他國家的人物性格也大不相同。即使是相同的單詞也可以有幾種寫法。此後，更方便的書法被采用，並規定了統壹的字符。這樣，不同地方之間的文化交流就方便多了。這就是所謂的“同壹本書”。
交通便利，商業發達，但不同國家的尺寸、桶和重量標準完全不同。從那時起，就規定全國采用統壹的度量衡制度。這樣，周圍的買賣就沒有困難了。
秦始皇在搞國內改革，但沒想到北方的匈奴也進來了。匈奴原本是中國北方的壹個古老少數民族。戰國後期，匈奴貴族趁北方燕國、趙國衰落之機，壹步步入侵南方，奪走了黃河河套地區的大片土地。秦始皇統壹中原後，派大將蒙恬（tián）率領30萬大軍抵抗，收集了河套周圍的所有地區，並設立了44個縣。
為了防禦匈奴的入侵，秦始皇征用民夫，連接了燕、趙、秦三國原有的北城墻，並修建了許多新城墻。就這樣，西起臨洮（今甘肅省岷縣），東至遼東（今遼寧省遼陽市西北），萬裏長城連為壹體。這座舉世聞名的古建築壹直是我們中華民族古老文明的象征。
後來，秦始皇派50萬人的軍隊平定南方，又設三郡；次年，蒙恬擊敗匈奴，又增壹郡。這樣，全國有40個縣。
公元前213年，秦始皇因為開疆拓土，在鹹陽宮舉行了慶功宴。許多大臣稱贊秦始皇統壹全國的成就。然而，淳於越博士重申分封制不能廢除，他認為如果他不遵循古代規則，分封制就不會起作用。
這時，李斯已經當上了宰相。秦始皇想聽聽他的意見。
李斯說:“現在天下安定，法律法規統壹。然而，壹群學者不研究現在，而是研究古代，對國家大事胡亂評論，在人民中間制造混亂。如果不加以禁止，就會影響朝廷的威信。”
秦始皇采納了李斯的想法，立即下了壹道命令:除了醫藥和種樹等書籍外，所有藏有詩歌、書籍和數百篇演講的書籍都要上交並燒毀；任何人再私下談論這類書都將被判死刑；
任何用古代制度批評現在的人都將被斬首。
第二年有兩個方士（求仙煉丹騙錢的人）叫盧生和侯生，他們在背後議論秦始皇。秦始皇得知這壹情況後，派人去抓他們。他們已經逃走了。
秦始皇大為惱火。當他再次檢查時，他發現鹹陽的壹些儒生也在壹起談論他。秦始皇逮捕了那些儒生進行審問。儒生受不了折磨，隨意放棄了壹大批人。秦始皇下令埋葬了460多名違反禁令的儒生，其余的人被流放到邊境。
這就是歷史上的“焚書坑儒”事件。
秦始皇正在氣頭上，沒人敢勸他。他的長子傅肅認為對付儒生太過苛刻，勸他不要這樣做。這壹來，惹怒了秦始皇，命令傅肅離開鹹陽，前往北方與蒙恬壹起守邊疆。