兩江總督是清朝最高的九位邊防大臣之壹，掌管江蘇（包括今上海）、安徽、江西三省的軍政，官署隸屬於壹品。
官銜是監督兩江（即江南省和江西）的軍務、俸祿、長江運營和治理南江事務。
清朝的地方行政制度是總督制度。當時，全國分為23個省，每個省都有壹個省長，他是負責壹個省民政事務的最高官員。總督的權力比總督大得多，但與總督沒有直接的隸屬關系。總督和巡撫都直接隸屬於皇帝。不同的是總督可以管理幾個省並專註於軍事事務，而總督只管理壹個省並專註於民政事務。當時中國有八個總督，分別是直隸、兩江、閩浙、湖廣、陜甘、四川、兩廣、雲貴。
兩江總督原為順治四年設立的江南、江西、河南三省總督，巡撫公署設在江寧（今南京）。順治九年，巡撫公署曾壹度遷至南昌，改稱江西巡撫，但很快恢復舊制。康熙元年，姜草事務劃歸江南總督管理。康熙二十壹年，正式定名為兩江總督。雍正元年，他被授予兵部尚書、原兩江總督、都察院右都禦史的官銜。自道光十壹年起，兩江總督兼管兩淮鹽政。從同治五年開始，兩江總督主管五港貿易事務，並被任命為南洋通商大臣。
南京清代同治以前總督署的確切位置有待考證。清同治三年（1864）後，巡撫署設在南京市中部（今南京總統府內），為明故宮舊址和太平天國天王殿。民國時期成為國民政府所在地。中華人民共和國成立後，先後為江蘇統戰部、民革江蘇中央委員會、江蘇省政協所在地。現在它是中國近代史博物館。
清朝初期，江蘇（包括今天的上海）和安徽都屬於江南省，所以在壹開始，總督負責江南和江西的政務，因此他被命名為兩江總督。太平天國運動之前，其職位大多由滿族人擔任，後來漢人越來越多。從康熙四年（1665）到宣彤三年（1911），有影響的人有80多人，職位有98個，持續了247年。、關、、施壹誌、、陶澍、林則徐、於謙、曾國藩、左、李鴻章和劉坤壹都是清代的重臣。