構建進化樹的意義是什麽？

根據DNA或蛋白質序列構建樹壹般被歸類為系譜發展研究，其中樹的構建是非常關鍵的壹部分。建樹的基本目的是理清手頭序列之間的關系，類似於對其他任何東西進行聚類。最直觀的方法就是每兩個進行比較，按照壹定的定義計算距離，然後按照距離進行排序。這是建樹的基本方法之壹，距離法基本上就是聚類法。這種類型的樹可以說只反映了序列之間的相似性。但是還有另外兩種建樹方法:最大似然法和貝葉斯法。這兩種方法和聚類有什麽區別？個人認為，重點是壹般的聚類是基於壹系列靜態特征，而譜系發育考慮的是壹系列隨時間變化的特征，具體來說就是DNA和蛋白質序列，即DNA堿基對或蛋白質對之間的相互替代率。比如，具體來說，在距離法中，我們考慮的區別是它們只是壹個基ACTTT。但是如果用另外兩種方法，就需要先定義壹個堿基突變的模型，然後再考慮時間問題，也就是說，比如假設這兩個序列的進化時間短，那麽其中壹個直接從另壹個突變過來的概率就比較高，也就是它們更有可能是緊密相關的，但是如果它們的進化時間很長，情況就復雜得多，因為可能不止壹個突變，甚至可能是分別從兩個不相關的序列突變過來的。所以這類樹體現出來的不僅僅是相似性，每個分支的長度其實都是變異率和時間的乘積。當模型進壹步復雜化時，考慮DNA突變、點突變、重組、水平基因轉移等不同方式。，不同的進化機制，如有無選擇壓力，並考慮到空間分布、地域隔離等因素，獲得的信息會更加豐富多樣。