流感嗜血桿菌自然產生的疾病只發生在人類身上。B型流感嗜血桿菌可導致嬰兒和兒童的菌血癥和急性細菌性腦膜炎。偶爾會引起蜂窩組織炎、骨髓炎和關節感染。自1990以來,在美國使用HiB結合疫苗後,HiB疾病的患病率已降至每10萬名兒童中有1.3名兒童。然而,HiB仍然是發展中國家嬰兒和兒童下呼吸道疾病的主要原因。沒有莢膜的流感嗜血桿菌可導致兒童耳部感染(如中耳炎)、眼部感染(結膜炎)和鼻竇炎,它還與肺炎有關。
Hib肺炎通常發生在1歲左右的兒童中。大多數患者在發病前患有感冒,約50%的患者在早期有胸腔積液。菌血癥和膿胸並不常見。大多數感染無蓋菌株的成年人會產生類似於其他細菌性肺炎的支氣管肺炎。
痰液革蘭氏染色可見大量細小的革蘭氏陰性球蟲;這種細菌對培養有嚴格的營養要求,而且經常寄生在上氣道,因此在培養中經常出現假陰性和假陽性。