具體區別如下:
1，不同級別
大學設置的系壹般比學院級別低，由壹個或幾個性質相近的專業組成，兩三個系組成壹個學院。還有與學院同級的大規模直屬系。
大學設置的二級學院和系壹樣，是大學的內部單位，包括幾個相近的學科或系，具有相對獨立的文化特色和管理職責。
2.不同的尺度
從規模上看，從專業數量、師生數量，到設備設施、建築面積，學院普遍大於系。
20世紀80年代以來，壹批辦學水平較高的大型教學、科研或研究型大學由院系改組為學院。升格的基本條件之壹是對學院的規模有壹定的要求，如招生規模、師資數量和比例、實驗室硬件設施、碩士學位項目、國家實驗室、畢業生論文水平和歸檔等。達到壹定規模後，才能從院系升格為二級學院。
3.不同的功能和任務。
學校各系主要承擔組織教學和人才培養、具體科研項目和實驗室建設等任務。
當該系升格為二級學院後，以學院為主體，其職能和任務已經擴展到高層次人才培養、學科建設、科學研究和科技發展等方面，並且由於覆蓋面的擴大，形成了交叉學科、邊緣學科和新興學科，通過創新學科推動社會經濟發展。
此外，學院的社會服務功能日益突出，實現了社會化辦學，加快了高科技應用型人才的培養和科研成果向生產力的轉化。
擴展數據:
始於20世紀50年代的我國高校管理體制，借鑒了前蘇聯的大學行政管理模式，在專業狹窄的教學型大學的規劃背景下，形成了校、系、教研室三級管理模式。
在當時的歷史條件下，為國家培養了大量的高級專門人才。然而，隨著社會和經濟的發展，舊的管理模式已經明顯不適應現代大學的發展要求。
各大學開始試行以二級學院為運行機構、兩級管理模式的學院制，將權力下放給學院，使學院成為壹個相對獨立、相應自治、能夠自我發展的組織。
目前高校設置二級學院的做法各不相同，壹般視學科而定:如文科、法學院、理學院、醫學院、商學院、信息學院等等。有的是原部門發展形成的；有的是基於學校相近相關學科的整合；
有的學校按照不同學科合並整合；也有根據社會發展要求的新學科建立的二級學院。
大學院系是根據專業性質設置的教學管理機構。根據專業類別，壹所高等學校可以分為幾個系，系下可以設置壹個或幾個相關專業。
壹般每個系都有壹名院長和若幹名副院長領導本系的專業教研室、實驗室和有關研究室(所)，負責規劃和組織本系的教學科研工作。
參考資料:
百度百科-學院
百度百科-部門