方舟完成後，洪水開始了。這時，諾亞、他的家人和動物已經進入方舟。《創世紀》是這樣描述洪水開始時的情形的:“當挪亞六百歲的時候，二月十七日，深淵的泉源都裂開了，天上的窗戶也開了。
地上下了四十晝夜的大雨。“洪水淹沒了最高的山，陸地上的生物都死了，只有諾亞壹家和方舟裏的生命幸存下來。
220天後，方舟停在阿勒山附近，洪水開始消退。又過了40天，阿勒山頂露出來了。然後諾亞放了壹只烏鴉，但是它沒有找到任何可以居住的土地。
七天後，諾亞再次放飛了鴿子。這壹次，他立刻帶回了橄欖樹的樹枝。諾亞知道洪水已經散去。又等了7天，諾亞最後壹次放飛了鴿子，這次他沒有回方舟。諾亞壹家和各種動物走出方舟。
離開方舟後，諾亞向上帝獻祭。耶和華聞到了祭祀的香氣，決定不再用洪水毀滅世界，就在天上做了壹道彩虹。在《創世紀》中，神應許說:“當我用雲彩遮蓋大地的時候，雲中會有彩虹，所以我會記得我與妳和所有的生物所立的約，水就永遠不會泛濫，消滅所有的生物。”。
擴展數據:
根據書本理論的推論，《創世紀》中方舟的故事可能有許多相似但獨立的來源；然而，正統猶太教和基督教普遍認為，約櫃的故事只有壹個作者，聖經字面翻譯人員認為，約櫃確實停留在土耳其東北部埃爾德爾省的阿勒山區。
在美索不達米亞文明中，也有類似於《創世紀》中記載的故事。例如，在蘇美爾神話中，壹個名叫祖陀羅的人被眾神警告建造壹艘船，從而躲過了壹場毀滅人類的洪水。此外，其他地區也有很多類似的故事，這是世界上廣為流傳的類似傳說之壹。
諾亞方舟的神話中有相當多與科學認知相沖突的地方。《大英百科全書》的許多版本反映了方舟信仰在科學發展面前進壹步崩潰的過程。
版本1771有以下說法，方舟的大小和容量與科學知識不沖突。“athanasius kircher和Buteo已經證明，假設壹肘為1.5英尺，地理上將有足夠的空間容納所有應送上船的動物。會發現動物物種的總數比人們想象的要少得多。”
參考資料:
百度百科-諾亞方舟