黃佐不愧為明代嶺南傑出的學者。後人對他的學術成就評價很高。根據《四庫全書》的總結，在明代的人物中，黃佐的學識最為淵博。萬歷的《廣西通誌》把他列為名臣傳記。清初與王陽明等人列為廣西著名官廟祭祀。目前，在廣州白雲山棲霞嶺景泰寺前，仍有黃佐墓，是廣州市重點文物保護單位之壹。