黑組織主要情節:心怡和小蘭在遊樂園遇到壹起命案。迅速破案後，新壹發現了神秘的伏特加，隨後追蹤發現伏特加從事非法交易。然而，過於專註的心怡並沒有發現琴酒像幽靈壹樣出現在身後。被棍子打翻後，他倒了APTX4869，變小了，柯南的旅程開始了。
第48 ~ 49集:外交官謀殺案
主要情節:來到毛利偵探所的關西名偵探服部平次，給柯南喝了壹杯帶感冒的白酒，然後遇到了前來尋找小五郎的外交官的妻子，結果到了他家卻發現外交官已經死了。當服部平次認為自己已經解決了謀殺案，柯南轉身回到工藤新壹，突然出現，指出平等推理的錯誤，並成功破案。最後又因為解藥的藥效消失而變小。
第54集:電子遊戲公司謀殺案
主要情節:柯南在電子遊戲公司偶遇組織成員龍舌蘭酒，第壹次從他口中聽到杜松子酒和伏特加的名字。沒想到龍舌蘭酒不小心提到了別人的行李箱，被行李箱裏的炸彈炸死了。
第128集:涉黑組織搶劫10億元。
主要情節:這裏就不細說電視對比漫畫的BUG問題了。本期節目中，宮野明美(涉黑組織成員)冒充銀行職員，參與策劃了壹起6543.8+0億元的銀行綁架案。在隨後的日子裏，罪犯們相繼被神秘殺害。柯南發現了明美的蛛絲馬跡，在明美的房子裏搜尋證據時被明美驚呆了。醒來後，他跟著明美來到壹個倉庫，卻發現明美已經倒在血泊中，而幕後兇手竟是壹個黑色組織！！
第129集:黑暗組織殺害女子大學教授。
主要情節:壹個叫海原愛的新女學生轉到柯南的班裏。沒想到，當晚她就告訴柯南，自己是黑組織的壹員。原來，足原是該組織開發APTX4869的主要負責人，原名宮野誌保，組織代號為“雪莉”。在最後壹集中被杜松子酒射死的宮野明美實際上是阿沙拉的親妹妹。因為姐姐的死，阿沙拉通過停止藥物研究來報復該組織。結果她被關在毒氣室，準備被處決。奄奄壹息的阿沙拉提前吞下隱藏的APTX4869，企圖自殺，不料和柯南壹樣渺小，逃出毒氣室。最終被阿笠博士采用。
第170-171集:黑暗中的死胡同
這個故事本身沒有主要情節。不過這壹集為以後的主要情節埋下了相當經典的伏筆。這個伏筆直到345集才解開。讓人不得不佩服青山的魔鬼思維。出道的新博士以其精致的外表和善良的內心贏得了不少柯南迷的青睞，但這壹集是新博士在361集之前的最後壹次亮相...)
第176-178集:告別黑組織
主要情節:柯南和阿沙拉在放學回家的路上發現了金的保時捷，於是對其進行追蹤，但由於金發現了車上的追蹤器，不得不放棄。但柯南還是查出了黑暗集團要在貝爾維尤酒店實施暗殺活動的是代號為皮斯科的組織成員。急於救人的柯南趕到北湖賓館，卻無法阻止這場謀殺。更糟糕的是，金已經通知皮斯科雪莉在跟蹤他，並告訴他雪莉壹定會去酒店。老奸巨猾的皮斯科在暗殺後偶爾見到足原誠司，甚至認出她就是雪莉。於是在她和柯南分開的時候，她用麻藥暈了過去，藏在酒店的壹個酒窖裏，卻被警察留下和其他嫌疑人壹起審問。柯南在與阿沙拉取得聯系後，讓她嘗試喝幹葡萄酒。正如柯南所料，阿沙拉回到了壹個成年人的形象，並且能夠從壁爐的煙囪逃到酒店的頂樓。沒想到，杜松子酒和伏特加已經在頂樓等著他了。在杜松子酒的折磨下，足原在脫離組織後拒絕說出自己的所作所為，身中數槍。這時柯南趕到，用麻醉槍打了金酒。與此同時，阿沙拉用盡全身力氣，再次從煙囪逃向酒窖。此時，白功的藥效已經過去，阿沙拉的身體再次萎縮。然後皮斯科終於露出了真面目。在即將處決足原的時候，柯南又壹次匆忙上演英雄救美，而皮斯科則因為刺殺過程中壹個不可挽回的失誤，被琴聲滅口。
226-227集:格鬥遊戲的陷阱
故事裏的案子還是八世同堂，與主線劇情無關。然而，這壹集卻是青山最大騙局之壹的開始。這壹集的另壹個重要人物，小蘭的英語老師朱迪出場了。乍壹看，她只是壹個火辣、開朗、有心機的外國女孩。但在故事中，她常常若有所思地凝視著正在推理的柯南。在故事的最後，柯南迷更是百思不得其解，猜測道:在和柯南告別的時候，她突然對柯南說了壹句意味深長的話:拜拜，酷小子。然後在公寓裏的電話裏，我們發現這個人的身份不簡單。好像是她在負責監控壹個在學校的人(大部分柯南迷都堅稱這個人是柯南)，同時給被監控的人起了個代號叫“爛蘋果”...
第230-231集:迷失的乘客
主要情節:偵探隊在坐大巴去滑雪的路上遇到了新老師和朱迪老師。這時，車上突然上來兩個劫匪。原來他們是要拿乘客做人質來交換被警方拘留的老板。與此同時，蘆原突然覺得車上有組織裏的人，這個人給她帶來的壓迫感是如此之大，她不禁打了個寒顫。柯南成功揭穿了劫匪的陰謀，並和朱迪壹起制服了劫匪。
第253-254集我們大廳的犯罪愛情故事4
這個案子本身毫無意義。有兩個值得註意的地方。首先，小蘭在酒店看到赤井秀壹時，覺得似曾相識。第二，柯南和新初聯手扮演高木警官，壹個有身材有動作，壹個有聲音。有人認為，可能是從這壹集開始，柯南對自己的新身份產生了懷疑。因為他註意到了新的超級模仿能力。
(在這壹集裏，值得註意的是柯南用新的出場來冒充高木，但是苦艾酒幫他撒謊，說明苦艾酒此時已經知道了柯南=新壹的秘密。原因可能是作為Hiko的好朋友，她大概看到了信壹小時候的照片，所以發現了其中的秘密。當然，他還是沒有告訴任何人。另外，從這壹集開始，新出場次數頻繁，暗示他是和主線有關的人)
第258-259集芝加哥男人
又壹個精彩的插曲。另壹個神秘人物詹姆士·布萊克出現了。而足原不知何故對赤井表現出極度的恐懼。故事最後表明，詹姆斯和阿凱是同事。詹姆斯問赤井為什麽剪掉長發。赤井笑著被愛人甩了。詹姆斯又問，那妳叫我出來是為了和我愛人復合嗎？赤井眼中閃過壹道寒光，說道，“除掉我...讓她後悔，有血有淚！”這裏我們又壹次知道了赤井有壹個“情人”，於是又出現了壹個關於這個情人是誰的大討論。朱迪，苦艾酒，阿沙拉，明美，每個人都有壹定的理由。另外，我想和柯南迷討論壹個關於詹姆斯的問題，他已經很熟悉主要情節了。從下面的故事中，我們可以知道詹姆士是美國聯邦調查局中阿凱和朱迪的老板。然而，詹姆士的美國聯邦調查局身份非常令人懷疑。為什麽？因為在第345集，朱迪曾經問過味美思，柯南，壹個小屁孩，雖然很聰明，但畢竟是個小屁孩，應該是酷酷的小屁孩(朱迪總是這麽叫柯南)。然而，她發現苦艾酒在柯南照片的壹角寫了“酷家夥”，她為什麽叫他“家夥”？那是因為苦艾酒知道柯南的實際年齡已經是個男的了，所以才這麽叫他。那麽，問題來了。在第259集，柯南制服了綁架詹姆斯的強盜後，詹姆斯壹臉陰沈地自言自語道:我不得不承認，妳幹得漂亮！酷家夥！！他也叫柯南“蓋伊”，所以他也知道柯南的實際年齡？另外，青山通過柯南給我們留下了壹個信息，詹姆斯和福爾摩斯的終極對手莫裏亞蒂教授同名。再想想苦艾酒在345集對美國聯邦調查局的暗號行動了如指掌，讓人不得不懷疑詹姆士的真實身份...
第269-270集犯罪紀念品
案件本身並不重要。與主線有關的是《暮光之城》提到與毛利小五郎有關的文件被盜，然後被送回，暗示有人在調查他們，這讓柯南相當緊張。偷案卷的是味美思，主要目的是了解與新片有關的案情(可惜細節還沒找到)。竊取所有相關案件檔案的目的是誤導美國聯邦調查局。故事的最後有壹張赤井監視毛利偵探所的圖片，說明美國聯邦調查局已經把註意力轉向毛利，我們被青山進壹步誤導了。
第271-272集匆忙掩蓋的疏忽
箱子不在桌子上。故事中，小蘭因為朱迪留下的壹個關於X對女人意味著什麽的作業而頭疼，案件結束後朱迪又在顫抖:快到摘蘋果的時間了！預示著馬上會有大動作。在故事的結尾，當他坐在電腦前給金寫郵件時，味美思提到了X。她說X代表kiss，只有女性才有。同時，它是仇恨的象征，而且，它可以代表壹個目標。當味美思舉起手時，壹支飛鏢飛向鏢靶上雪莉的照片。照片中的雪莉被畫了壹個巨大的X，飛鏢就在X的中間！照片下面是柯南和小蘭的照片。由此我們知道，味美思留在日本的目的是找雪莉，柯南和小蘭似乎也受到了她的關註。我們發現苦艾酒似乎對雪利酒有特殊的仇恨。不知道是不是因為杜松子酒。而我們繼續被青山誤導，跌入Juddie =苦艾酒的無底深淵。
277-278集英語老師vs西方著名偵探
主要情節:柯南把調查毛利的事情告訴了醫生，經過分析，他們發現組織裏除了皮斯科還有壹個人在北湖賓館(與黑組織永別)。而這個人很可能就是美國球星克裏斯·葡萄園。柯南托博士，去查查克裏斯的網站，看看能不能找到什麽有用的信息。與此同時，服部平次也出現在醫生的家裏。原來他是受醫生委托來幫助柯南的。兩人決定調查身份十分可疑的老師朱迪。我來到朱迪家後，在鄰居家遇到了兇案。在調查真相的過程中，服部平次和朱迪在黑暗中相互競爭。然而，最終平治和柯南沒能得到關於朱迪真實身份的決定性線索，朱迪用微型相機悄悄拍下的服部哲的膠片被服部哲拿走了。英語老師和西方著名偵探的對決可以說是平手。
第279-280集迷宮的黑暗
主要情節只講到了壹點。在柯南的要求下，醫生去克裏斯的網站查資料。原來她是已故美國明星莎倫·賓亞德的女兒。在他母親的葬禮上，當記者問及此事時，克裏斯神秘地回答道:秘密讓女人成為女人！另外，Hiko也出現在了Sharon的葬禮上，但是她的帽子帽檐很低，所以美國網站顯示當時沒有人認出Hiko的身份，但據傳這位日本曾經的當紅女明星也參加了葬禮。
第286-288集工藤新壹事件
主要情節:小蘭在餐廳吃飯時暈倒，然後回憶起幾年前和心怡壹起去紐約的經歷:習字帶著心怡和小蘭去百老匯看了經典歌劇《不和諧的金蘋果》。小蘭也遇到了她的偶像莎倫·賓亞德。原來，習字和莎倫曾師從同壹門下，同時拜在壹位魔術大師門下，學習變臉的藝術。小蘭發現莎朗似乎對上帝很不屑，聲稱“天使從來沒有對我笑過”。然後是老撾發了壹個和主線無關的殺人事件。解決完事情後，心怡和小蘭在回酒店的路上偶遇了壹個最近在紐約作案的日本銀發殺人犯。兇手在試圖殺死他們時不小心滑倒，從樓梯上摔了下來。但是被新壹和小蘭拉了上來。辛屹甚至告訴了兇手壹句令小蘭心動的名句:我不知道人殺人的原因，但人救人是不需要理由的！兇手還放過了兩個人。第二天傳來消息，兇手自殺了。沙龍還打電話給尤喜子，聲稱“好像我也有自己的天使”。
第314-315集留下的無聲證據
主要情節:三個客戶拜訪毛利偵探社。據說是在尋找失蹤的著名軟件工程師板倉。三個人分別是各自遊戲公司的員工，委托板倉開發不同的軟件。小五郎從發給三個人的圖像中來到酒店房間。但當他和當事人進入房間時，半倉已經死了。在案件調查中，柯南發現板倉與黑組織(TV54電子遊戲公司謀殺案)成員龍舌蘭酒有聯系，他還發現板倉近年來有壹張寫日記的軟盤。柯南認定軟盤裏有該組織的信息，於是迅速破案，拿到軟盤去醫生家壹探究竟。誰知他和小蘭在回家的路上，遇到了突然從地下冒出來的赤井秀壹。
309-311聯系黑組織
主要情節:與深不可測的阿凱直接接觸後，柯南匆匆趕到博士家，說明來意，然後他們用電腦打開了板倉的日記軟盤。日記詳細記錄了板倉與黑組織的聯系。原來黑組織壹直在威脅板倉為其制作壹個神秘的系統軟件。與此同時，柯南找到了雙方的交貨日期，於是決定以半倉的身份與組織見面，然後他和博士驅車前往半倉的壹處別墅，藏身於深山老林之中。這時，伏特加打來了電話。為了避免黑組織得知板倉已死的消息，柯南決定用變聲器偽裝板倉的聲音來提前交易時間，雙方約定4小時後在東京交易。在回東京的路上，柯南收拾了兩個珠寶大盜作為熱身，然後請醫生留下來處理，獨自前往龍潭。結果柯南留在假系統軟件上的追蹤器又被Gin看到了。幸運的是，他及時躲進了儲藏櫃，躲過了杜松子酒和伏特加的追擊。
329-330集金錢買不到的友誼。
在這壹集裏，我提到了阿沙拉的父親:宮野厚司。原來他是化學領域非常著名的科學家，被稱為“被科學界流放的瘋狂科學家”，待人親切有禮，是阿笠博士的老熟人。
335-336集杜東發展學院的秘密
主要情節:廣子回到日本，帶著偵探團隊去杜東沖洗他看過的電影。在路上，習字和柯南發現他們被跟蹤了。柯南認為跟蹤者要麽是沖著他來的，要麽是沖著灰原來的，很可能是黑組織的人。
第338-339集4保時捷
主要情節:故事中的事件與主要情節無關。但是在這壹集裏，我們阿沙拉的身份終於暴露了！故事的最後，從未在整集出現過的味美思冷笑著用打火機燒了雪利酒的照片，得意地自言自語道:“給妳...妳準備好了嗎？我來找妳了！”
第340集-341藏在廁所裏的秘密
主要情節:柯南、蘆原博士和哈伊原博士去了蘆原父親宮野博士之前工作過的辦公室，想得到壹些關於黑組織的信息和蘆原父母的下落。結果，他們在廁所裏發現了宮野明美母親留下的帶子。
第343-344集便利店的陰謀
主要情節:朱迪老師突然辭掉了迪丹高中英語老師的工作，說想回美國。在歡送會上，小蘭無意中發現朱迪浴室的鏡子後面有很多自己和柯南的照片，不禁好奇。
第345集直面黑組織——月圓之夜的雙重謎團
主要情節:柯南和阿沙拉周圍的黑暗之光終於開始閃耀。與此同時，小五郎和柯南收到了味美思的邀請，邀請他們在月圓之夜參加化妝派對。重要的是，寄給柯南的邀請函信封上寫著“工藤新壹接受”，但邀請函上的地址卻是“江戶川川柯南”！看來柯南是新壹的秘密也被組織發現了。......
評價:1不言而喻。如果妳不看這壹集的柯南，其實就是說妳沒看過柯南。這壹集是柯南近400集動畫的最大高潮，主要情節跌宕起伏，絕對是經典。
但是鬼船上的案子確實很無聊，與主要情節無關，推理邏輯很差，不能說是失敗的。
故事到最後，還是沒有贏家。美國聯邦調查局和柯南沒有抓住這個組織。苦艾酒也答應柯南放棄追雪利酒，這樣青山的賺錢機器才能繼續運轉。
346-347集尋找P股的印記
主要情節:朱迪提出對實施證人保護制度，也想同意，但在這兩集裏，布美勇敢無畏的逃離了丁的精神，第二天放學後來到朱迪的病床前。拒絕後，朱蒂也說，完全是她想的那樣。蕭艾離開後，詹姆士告訴朱迪，蕭艾和以前的朱迪非常相似。
第361-362集迪丹高中鬧鬼學校
主要情節:消失很久的新老師再次回到迪丹高中。事情發生後，新老師感受到了味美思善良的壹面，於是打電話給朱迪，朱迪也氣憤地說，這只是味美思為了更好地扮演新老師的表現。
第3765438集+0-372無聲路線
主要情節:柯南在這壹集被犯人的電話提示，開始尋找BOSS的地址。前四個數字是0858。
385-386集斯特拉迪瓦裏的不和諧和弦
主要情節:柯南根據味美思的擊鍵找到了老板的地址和擊鍵。這壹集的犯人最後把歌名告訴了柯南:七個孩子。
第425集黑色沖擊！黑組織魔爪伸出的那壹刻
主要情節:小五郎在與播音員的壹次對話中得知自己被惡作劇的門鈴困擾，便與柯南、蘭壹起前往樂乃家。
雖然小五郎等人抓到了犯人，但此時柯南從安裝的bug中意識到，可惜奈(代號Kir)其實是黑組織的黑幫成員。
隨後，該黑組織制定了在edayP下午1暗殺壹名代號為DJ的男子的計劃。關註可憐奈的美國聯邦調查局經紀人朱迪決定與柯南聯手。為了阻止暗殺計劃，有必要知道ADP和DJ是什麽意思…
看點:組織三個新角色出場，美國聯邦調查局將再次出場。
491—504紅色和黑色之間的碰撞
該系列* * * 14集，從2008年初開始以每周壹集的速度播出了半年。因為時間久遠，如果美國聯邦調查局對抗黑組織，人們壹度以為這是柯南的決戰，但最後並沒有結束，水無憐奈成了臥底。然而，赤井秀壹的死，這個連黑組織老大都害怕的銀彈(不管是不是真的死了)，似乎又讓這場對抗落下了帷幕。