明清戰爭，朝鮮改中立，讓清朝沒有後顧之憂。
皇太極對朝鮮作戰時，袁崇煥加緊在金州、中左、大淩河修築工事，派水師支援皮島的毛，並派、朱美等9名將領入侵三岔河牽制清軍，與朝鮮團結壹致。然而，朝鮮很快就在城下與清朝簽訂了聯盟，趙率教等人領兵返回，沒有與清軍接觸。
皇太極沒能和明朝達成和平協議，但是他看到袁崇煥的築堡工作非常積極。時間拖得越久，將來進攻就越困難，於是他決定“以戰媾和”，進攻寧遠。
天啟七年五月，皇太極親自率領兩黃旗、兩白旗進攻遼西城堡，攻占大淩河、小淩河兩座要塞，隨後進攻寧遠外圍要塞錦州。
5月11日，皇太極率軍攻打錦州，將其包圍。此時鎮守錦州的是趙率教。他和監軍太監守著城，派人和皇太極講和。這自然是壹個等待增援的計劃。皇太極失手，攻城越急。
袁崇煥派祖大壽、尤氏祿帶精兵四千，包抄清軍，又派水師攻東路，以聲東擊西。這個時候天熱，海面上沒有冰，海軍需要。
趙率教是陜西人，這個人的人品本來就很低。努爾哈赤攻打遼陽時，趙率教是主帥袁應泰的鐘君(參謀長)。袁應臺是個不懂軍事的平民，但趙率教沒有盡到參謀總長的職責，戰役進行得壹塌糊塗。清軍攻打遼陽，袁應泰犧牲，趙率教卻偷偷逃走了。我不知道如何幸運。
免了，想必是賄賂了上官。後來王化貞壹敗塗地，關外所有城市都成了無人之地。趙率教申請戴罪立功，領著仆人去接前屯尉。但是到了之後發現已經被蒙古人占領，就不敢再進了。努爾哈赤攻寧遠，趙率教在前屯衛。距離很近，所以他沒有去自救。後來寧遠贏了，他卻要分功，以至於被曼貴罵了壹頓。
它引起了壹場大風暴。
和滿清起沖突的時候，袁崇煥還挺支持他的。趙率教感謝他的好意，袁崇煥總是用忠誠鼓勵他。到了錦州大戰的時候，他突然好像變了壹個人。他和前鋒總兵左夫、副總兵朱美等將士英勇奮戰，視死如歸，與皇太極部下的精銳士兵打了三場勝仗，三戰二十五勝，百戰百勝。從5月11日到6月4日和2日。
十四天裏，天天無戰事，戰況如寧遠大戰壹般慘烈。六月初四，皇太極增兵，猛攻。西方的大炮、大炮、燃燒彈、箭頭放在錦州城內，清兵傷得很重。進攻到了天亮，皇太極見自己再也支撐不下去了，只好退守，在孝陵河邊紮營，等待各路兵馬集中整編。
趙率教由懦弱轉為勇敢，眼見敵人死守城池而逃，24日又由退縮轉為激戰，後來在保京戰役中血戰身亡，最終與滿桂齊名於史，成為當時的兩大大將。他的這壹重大轉變是袁崇煥領導能力的壹個非常突出的證明。
皇太極收拾人馬，轉攻寧遠。
上壹次清軍在寧遠大敗，將士們對袁崇煥望而生畏。大貝勒戴珊見城池準備充分，便停止了戰鬥。皇太極對眾將說:“我不能先攻寧遠，但這次也不能攻錦州。若不能再攻寧遠，我將身敗名裂。”於是下令總攻，把明騎兵打垮在城門口，把城墻打薄。
相比寧遠壹戰，袁崇煥的戰鬥力有所增強，敢於在城外作戰。上次讓清軍撤退，我派了50個敢死隊在城門撿箭，可見我不敢開城門。
滿桂帶領明軍在城南布陣，城墻下擺開炮陣。皇太極假裝戰敗，想引明軍進攻，然後伏擊。但明軍並沒有上當，也沒有窮追不舍。皇太極於是回軍再戰。
袁崇煥親著城頭喊了壹聲。滿清在城外打仗。祖大壽和遊士祿回攻清軍後路。雙方傷亡慘重，曼貴身中數箭。明軍終於在戰場上打敗了清軍，於是退入城內避難。戰爭非常激烈，護城河裏堆滿了雙方士兵的屍體。
守軍還用葡炮狂轟濫炸，打爛了清軍壹大片營地和皇太極的白龍旗，打死不少清兵。據明朝的報告，皇太極長子召見貝勒，兔兒爺，胸口中箭，另壹子茍貝勒在戰鬥中被明軍射中，孤山四人(有7500人)，魯牛三十余人(有300人)。這篇報道被誇大了。其實根本就沒有皇太極的兒子。
在這場戰鬥中陣亡。但清方的記載也說:吉爾哈蘭貝勒、薩哈連貝勒、瓦克達將軍、阿格都有傷。
眼見部隊損失慘重，皇太極不得不撤退，再次進攻錦州以南，卻拔不出來。兵多傷亡，大將覺多柏山、巴什被殺。七月，清兵大敗，退回沈陽。
這場戰役在明朝被稱為“寧晉勝仗”，是明軍對清軍的第二次血戰勝利。
袁崇煥在論文中聲稱最重要的貢獻是曼歸(1)。他和滿桂壹直有意見沖突，但在奏章中，他辯稱寧遠的勝利多是因為滿桂的功勞，可見他光明磊落，大公無私。
寧遠第壹次勝利在天啟六年正月，寧晉第二次勝利在七年五月，相隔壹年零四個月。在這短短的16個月裏，袁崇煥加強了明軍的戰鬥力，搶了錦州的工事，固守清軍的後路，讓皇太極有了後顧之憂，久久不敢攻寧遠。同時，清軍先攻錦州，後攻寧遠，勢頭壹直受挫。可見袁沖
桓這16個月的準備，取得了很大的成果。如果有更多的和平時期，情況肯定會改善。
這場戰役大獲全勝的主要軍事因素之壹就是葡萄牙的紅炮。在明朝已經驅逐了葡萄牙人的天主教傳教士。傳教士波爾和米克爾看到了明清制造戰爭的機會，就動員澳門的葡萄牙人為明朝提供軍費和炮手。明朝召回被驅逐的祭司。原本秘密的傳教士變成了公眾，而大量的葡萄牙人
葡萄牧師和槍手進入中國(2)。後來，中國在外國牧師和技術人員的指導下制造了自己的槍。鑄炮亦名“安國將軍，全軍抗擊遼、”，並送官祭炮，邀將軍破敵。直到若幹年後，金人在投降的明人的幫助下，才開始鑄造大炮。
袁崇煥在政治上屬於魏忠賢的敵對派。他的進士考官韓丕和贊助他的謀士侯堯都是黨的巨頭。袁崇煥當然不肯扣工資孝敬魏忠賢。但為了大目標是保衛錦州和寧遠，他也是相當妥協的。各省督撫為魏忠賢健生殿。袁崇煥不同意，馬上罷官，保家衛國。
野心無法伸張，只好在當時的吉遼為魏忠賢建了壹座神社。
但魏忠賢仍不滿足。所以，盡管寧晉勝利了，袁崇煥除了升職什麽都沒得到。奉承魏忠賢的官員有幾百個，但都是因為功成名就才升官的。原因是他們在朝積極策劃，連魏忠賢壹個嬰兒都還在繈褓中，所以封了數。魏忠賢是宦官，沒有兒子，只好封了侄子，又封了侄子的兒子。
這時候魏忠賢甚至叫了壹個名臣來打袁崇煥，說他不救錦州是“士氣低落”。在這樣的壓力下，袁崇煥不得不自稱生病，請求辭職。魏忠賢當即批準，派兵部尚書王誌臣接任。
皇太極聞訊欣喜若狂，但當他聽到給袁崇煥的罪名和評語竟然是“老古董”時，驚訝了許久。袁崇煥這樣的人“死氣沈沈”，卻不知道誰“朝氣蓬勃”。
袁崇煥離開寧遠的時候，心裏感慨萬千。那時候他才四十歲左右，正值壯年，正是大顯抱負的時候。
反而在立下汗馬功勞後被迫退休。他的下屬既驚訝又憤恨。他給某部寫了壹首詩，詩中說:“我們同仇敵愾，彼此立下大功，皇上恩情也重。”。但我的苦心只有後人知道。建功立業固然好，回家休養也不錯。我們不必為我的去留感到不公平。這首詩表明
很有氣度。不過，他還是很感激天啟皇帝。他原本是壹個七品知縣。從天啟二年到七年夏，短短的五年半時間，幾乎年年高升，中間甚至跳級，直奔“遼東巡撫、兵部右侍郎、都察院右顧問”，真可謂是飛黃騰達。他自覺升職太快，有壹次去婉言謝絕。他說在同壹時期，
官職最高的人也比他低幾個檔次。為了給屬下將領做個榜樣，請皇上收回他的升遷。皇帝回答:妳連續三次下賤，品德很好，但是妳立下了大功，妳的升遷是應該的。
他在回廣東老家的路上，路過大玉嶺時寫了壹首詩，表達對天啟的感激之情。他心裏知道天啟是個昏君，卻對自己很好。
他去了廣州，參觀了光孝寺，踏上了佛土。他不禁想到自己這輩子殺過很多，和環境不協調。然而，那只是壹種不和諧的感覺。英雄無悔，但不必向菩薩低頭，殺了該殺的人也無悔。
(1)袁崇煥在論文中說:“十年來，天下之兵，皆不敢與奴馬對峙。就在去年，我還從城市上空發起攻擊。從現在開始，壹刀壹槍，下來拼命，不顧野蠻人的兇殘。我又喊了壹聲，就繞道去追了。諸軍義憤填膺，誓要壹戰敗賊，這多是將軍之功。”
(2)馬丁的《韃靼之戰》大贊葡萄牙傳教的貢獻，說:“上帝會保佑信仰基督教的皇帝，所以中國皇帝打贏了韃靼(指滿清)之戰。”事實上，天啟帝信魯班，不信基督教的上帝。
根據馮的翻譯和沙蔔烈的《明末教廷耶穌會士波密格傳》，崇禎三年，澳門的葡萄牙船長率領400名士兵和10門大炮入關。廣州巨商怕失去壟斷中西貿易的好處，對朝臣慷慨，百般阻撓。貢沙後葡軍司令西勞在登萊陣亡。小說《染有皇室血統的劍》簡介。
(3)袁崇煥《送別陳毅南征榮將軍》:“慷慨同恨日。身在百戰之中，在工作中會有智慧，在家庭中會有牽掛，只是後知後覺。麋鹿將歸山，獨角獸將畫亭。留與不留都不奇怪，秋草要走了。”其中，“好工人是主要關心的”這句話不可避免地含有苦澀的意思。天啟絕不是英明神武的主。這在世界上是眾所周知的，他是如此成功。結果，他得到了這樣的“盡快”，這樣的“明”
主啊，真的“清楚”了。
(4)袁崇煥《天啟六年六月初十日謝勝尹姝》說:“況且軍男爭先，少立則欲移厚，不願意則想，恐惹朝廷，挑撥同類。今天，邊疆從來不是壹個人用的，我病得最厲害。我今天不太平，怎麽消除將軍之間的競爭？匡臣無富貴之心，帝亦學之。”朝廷對這份奏折的回復是:“馮”
聖旨:袁崇煥救市，恩賞不為過；是三疏字控字，越讓越多。還在努力服從命令。魔法部知道了。"
⑤袁崇煥《歸玉齡》:“十年辛苦，心漸反。忍著說還是山？很難說是錯的。主恩天地，臣遇古今。幾卷印完，就像回到了舊時代。”
⑥袁崇煥《會虎林寺口》:“四十余年，只樹隔紅塵。如今，我已經踏上了國王的土地，我也學會了過去殺人。