漢代，隨著社會經濟的發展，出現了壹批地方宗族。他們經濟基礎雄厚，普遍具有儒家文化素養，很容易進入仕途，獲得官職。東漢中後期，地方宗族已經基本壟斷了地方政權機構，世代為官的貴族家庭也不少。他們的家族龐大而眾多，被稱為貴族家族。東漢末年政治紛爭、社會動蕩時期，世家大族異常活躍。三國時期魏、蜀、吳政權的建立或多或少與世家大族的政治活動有關。隨著魏晉政權的和平交接，魏晉時期的高官顯貴家族在政治上獲得了世代做高官、經濟上免徭役的特權，成長為名門望族。東晉政權是在江南流亡士紳的支持下建立起來的，士紳操縱政權，成為東晉的政治特征。士紳們的排外政治地位使其容易受到其他社會階層的沖擊。後者提高社會地位的常見方式是通過各種手段擠進士紳階層，這導致了南朝士紳階層的擴大，也不可避免地對士紳特權產生了負面作用。士族憑借家世獲得高官，有力地幹預了傳統的專制集權。南朝宋齊梁時期，皇帝往往重用非世家出身的人，也就是所謂的寒士，來執掌軍政大權。隨著皇權的不斷加強，貴族家庭的政治地位逐漸下降。士紳在優越的環境中越來越失去實際的政治能力，這也是他們衰落的重要原因。十六國北朝時期，魏晉時期出現的士族，因其社會影響和文化見識，成為各個民族政權爭奪的對象。壹些民族政權，如十六國以後的趙和北魏，繼續使用或實行士族制度，對少數民族的漢化，特別是少數民族上層階級的漢化起到了積極的推動作用。但歷史的發展總是否定壹部分人的特權，實際的政治地位總是取代家族地位的影響。南北朝後期，無論是南方還是北方，士族基本退出政治舞臺，東晉王、謝高門家中的燕子，到隋唐終於飛入尋常百姓家。
魏晉南北朝時期，所有的政權，無論是統治廣大地區的還是統治壹隅的，無論是漢族政權還是少數民族政權，都采取了秦漢以來的專制集權。
由於社會變遷，魏晉南北朝時期皇權被削弱。東晉皇權更弱，南朝皇權崛起。但在很長壹段時間內，需要通過寵溺民眾來削弱貴族家族對政權的幹涉。在十六國和北朝，壹些少數民族政權采取專制集權，但也以部落組織的形式統治少數民族。皇權的興起和專制集權的加強成為少數民族政權深入本土化的標誌。
魏晉南北朝時期各種具體的政治制度繼承了秦漢，並有所變化和發展，成為隋唐的起源。
從中央行政體制看，魏晉南北朝沿襲了東漢以來的發展趨勢，尚書臺(省)
權力越來越重，策劃詔書的中書省、審查詔書的門門省也相繼設立。
西晉基本確立了三省分立的制度，取代了漢朝三官九臣的決策權。尚書大臣成為實際的宰相，下屬各部大臣掌管政令，而中書、中書經、門下各省巡撫參與朝政議事，抑制了尚書令、仆射權的過度集中。十六國的東晉、南朝、北朝大部分都采用這種制度。雖然由於皇權和政局的不同而有所變通，比如南朝尚書省的大臣史，以及中書省的官員實際上是憑借皇權來操作兩個最高權力機關，北朝的大臣權力又特別重，但三省分立制度壹直沿用至今。在西魏和北周末期，模仿李周設置了六個官員，建立了壹個中央行政系統。隋朝取代北周後，仍采用三省制。
從地方行政體制來看，魏晉南北朝繼承了東漢末年的體制，以州、郡、縣行政為核心，並有許多新的變化。其中壹個變化是，皇權和中央政府為了加強對地方的控制，往往在國家之上再加壹層權威。三國魏朝在重要的州和戰略要地設置督撫，代表中央政府控制軍隊，安撫地方政府，分化地方軍政。然而，如果州長們保持這個節日，他們就有權殺死州州長和縣長。西晉時，都督制度進壹步發展，大部分由皇室子弟擔任，逐漸成為國家壹級以上的地方行政機構。東晉、南北朝繼續實行這壹制度。北周雖然把總督換成了總經理，但本質不變。歷代總督均由中央尚書臺(省)吏部任命，而州、郡、縣的總督多從當地民眾中選任，因此總督制度是中央政府控制地方的有效手段。但由於大都督往往在幾個州甚至十幾個州都有軍權，而且還是主州的大臣，這就成了他們幹預中央政治的有利條件。東晉南朝時期地方與中央的沖突都與這壹制度有關。北魏時期，除了采用巡撫制度外，還廣泛實行魏晉以來就已出現的巡撫制度。總督也受中央政府指揮，中央政府向總督(省)官員委派官員或直接到地方政府代表中央政府行使職權，全權處理地方軍政事務。