1.根據其形狀分為三類，即球菌、桿菌和螺旋菌(包括弧菌、螺旋菌和螺旋菌)。
2.根據細菌的生活方式分為自養菌和異養菌兩大類，其中異養菌包括腐生菌和寄生菌。
3.根據細菌的需氧量，可分為需氧(完全需氧和微需氧)和厭氧(不完全厭氧、需氧耐受和完全厭氧)細菌。
4.根據細菌的生存溫度，可分為喜冷、常溫、高溫三類。
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細菌分類是對細菌的鑒定和分類，觀察和確定其細胞結構或生理生化特征並不太困難。采用以下方法:(1)在各種培養基上的生長狀況；碳水化合物和蛋白質的利用和分解；DNA中鳥嘌呤和胞嘧啶的克分子量百分比；有時基於血清學檢測結果等。細菌的屬名和種名是根據命名規則確定的，但認為按照壹個分類系統給所有細菌命名是不合理的，這種觀點越來越有說服力。