“當年，我國朝廷發生了壹些容易被歷史學家忽略的事件。這些事件，雖然看起來像上壹節，但其實是之前發生的大事的癥結所在，也是未來掀起波瀾的契機。他們之間的因果關系只是歷史的焦點。”這段話可以說為《萬歷十五年》全書定下了基調。下面的內容就圍繞著它，向我們展示了明朝歷史的復雜情況。看似平靜實則暗流湧動，壹股無形的力量推動著歷史的車輪前進，但推動的不是帝國的發展與繁榮，而是衰落與衰落。在後來的敘述中，這本書讓人深深地感受到，歷史並不總是辯證地進行，也不是黑格爾所謂絕對理念的最終勝利。
正如作者所說，這本書對中國以道德代替法律的做法進行了“徹底的批判”。皇帝只不過是壹個符號，是抽象道德和智慧的代表。所謂的美德，大多是以各種方式體現出來的。“壹登基，壹切言行都要符合道德規範”，“任何人格的展現都可能被指責為超出道德規範”。所謂“賢者居之。”這是聖賢的訓誡。皇帝用自己的美德為國家做出了貢獻。但是，道德規範的解釋權屬於公務員。從這本書的敘述中，我們可以清楚地看到，九五皇帝是被文官集團以道德的名義牢牢控制的。然而，“四書”中的原理不過是壹些人用來作為自己職業口頭禪的雜文而已。從皇帝親自安排慈禧太後葬禮時的所有細節來看，他以偶爾濕毒、服藥未愈、行走不便為由，免除了自己在眾目睽睽之下應該出席的繁文縟節。可見文官制度對皇帝本人的訛詐和約束，已經超過了皇帝本人可以接受的程度。這就是文學與質量的矛盾。在這種較量中，萬歷皇帝越挫越勇，最終以“打擊”作為對抗的武器，帝國的衰落只是時間問題。
從上面的描述可以看出，倫理道德無非是維護帝國統治的工具。這是儒家倫理道德的虛偽，鄧曉芒寫了壹篇長文《從康德的道德哲學看儒家的“鄉愁”》來批判這壹點，令人信服。
“表面上看，皇帝擁有傳統賦予的權威，他可以為所欲為。”實際上，皇帝是在官員的道德威脅下，按照文官集團確定的規範行事的。任何超越和違反這壹規範的行為都會被指責為“昏庸無情”，萬歷皇帝也曾被臣下如此斥責。原來“官員之所以絕對服從皇帝，即使不是有條件的，也絕不是漫無目的的。”君主專制原本是文官制度的補充。比如，萬歷皇帝越過這條線的時候，他的叔祖鄭德皇帝“毫不費力地捉弄了他的官員”，並擁有“超人的勇氣、充分的好奇心和豐富的想象力”。“他曾親自訓練老虎，差點喪命；親自練兵；率軍作戰，贏回朝鮮；我給自己起了個“大將軍”的稱號...這些自然引起了文官們的困惑和憤慨，真正的原因是“皇帝掏空了他們苦心構建的政治體系”。萬歷皇帝“缺乏叔祖的勇氣、熱情和快感”，所以只能做“紫禁城裏的囚徒”，即參加各種代表道德的儀式。除了郁悶，只有“用壹些更無聊的方式消磨時間”。壹個活躍的人物有充沛的精力，卻不能用來進行積極的創作。”從此埋下了歷史悲劇的禍根。
我們可以看到，歷史交織著人性、社會責任、道德倫理、系統的文化語法規定等等。很難用壹個維度來解釋這種復雜性。而且，只有拉伸前後的歷史年份，才能看清壹個部分的歷史走向。這也是黃仁宇提出大歷史觀的原因之壹。