沙眼通常起病緩慢,臨床癥狀不同。病情因反復感染而加重,感染頻率不同,導致病程不同,或自愈,或持續數月,或延續數年甚至數十年。急性沙眼感染主要發生在幼兒,但早期瘢痕並發癥在20歲左右開始明顯,嚴重的眼瞼和角膜並發癥可發生在成年後的各個階段。