1999-2000賽季，瓜迪奧拉因傷淡出巴薩主力陣容。哈維成為了老隊長瓜迪奧拉退役後巴薩中場的最佳接班人。不管教練是在範加爾、雷克薩赫、安蒂奇、裏傑卡爾德還是瓜迪奧拉之間換，哈維永遠是核心。
2004-05賽季，哈維帶領巴薩在闊別6年後，奪得西甲冠軍。哈維本人打滿了38場聯賽，是出場時間最多的中場，也為巴薩完成了第300場正式比賽。當他只有25歲的時候。
2006-07賽季被譽為“巴薩之肺”的哈維，至今仍在巴薩隊中扮演著重要角色。然而，在2005年6月5438+2月的壹次訓練中，他不得不接受左膝韌帶撕裂的手術。經過5個月的治療，哈維在2006年5月及時康復，趕上了那個賽季的歐冠決賽和世界杯。西班牙國家隊主帥阿拉貢內塞斯也表示:“西班牙國家隊離不開哈維。”