著有《曹雪芹家世新考》、《耿論》、《夢話集》、《舒氏集》、《秋風集》等20余部專著。,主編《紅樓夢》新校對版、《紅樓夢辭典》、《中國藝術大辭典》等。
在研究中國文化史、古代文學史、戲曲藝術史、研究中國西域歷史文化藝術等方面也頗有建樹。曾撰寫大型攝影集《徒步大海中的塵埃》,受到學術界的高度評價。馮其庸還擅長書畫,書法屬於二王,繪畫屬於青藤白石。他的書畫在國內外都很受重視,被譽為真正的文人畫。