當初的倭寇只是九州沿海地區有名的船主、官員和無業人員。14世紀初，日本進入南北朝分裂時期，戰敗的南方封建主組織武士對中朝沿海地區進行掠奪。清末，在光緒皇帝的聖旨中，“倭寇”被廣泛用於指代日軍，並衍生出“倭寇軍、倭寇兵、倭寇炮、倭寇庭”等詞語。
從洪武開始，明朝致力於加強海防。永樂十七年，明軍消滅遼東望海國，入侵日本。此後，海防相對平靜。嘉靖以後，日本進入戰國時期。日本海賊在封建諸侯的支持下，勾結中國海賊知望、徐海，大肆進攻江浙閩沿海的城鎮，日本海賊在明代東南地區損失慘重。明朝廷多次任命官員管理海防，由於政府腐敗，難以奏效。嘉靖後期，戚繼光、於等將領先後平定江浙、閩粵海盜，倭寇得到了安寧。