成吉思汗建國後，確定了蒙古軍隊的指揮體系。蒙古軍隊是“從10到100，從100到1000，從幾千到幾千，各有所長”。百夫長被稱為“品牌負責人”，在蒙古語中被稱為“阿爾班閻娜”(“閻娜”的意思是“官方人士”)。百戶稱“雜文閻娜”；千戶被稱為“韓民閻娜”；戶主叫“土為棉，臉為美”。有時有50戶人家，被稱為“塔賓閻娜”。蒙古可汗親自遠征，、萬、等聽從可汗的直接指揮。軍隊分裂時，可汗任命壹個蒙古國王或壹家之主和壹家之主作為軍隊的最高統帥。受命指揮軍隊的人有權控制其他參戰的軍官。
成吉思汗西征時，左翼蒙古軍統帥受命掌管中原漢軍，但部分漢軍實際上聽命於東道主蒙古王(成吉思汗的兄弟)。窩闊臺統壹建立漢軍後，漢軍有千戶、百戶、牌頭，由漢軍將領充任；漢軍總司令設全軍元帥，由探馬紅軍將軍擔任。都督受蒙古大汗之命，指揮壇町軍與漢軍作戰、鎮守。蒙古軍隊出征，都督要接受蒙古宗王、千戶長、可汗任命的千戶長等前線指揮官的調遣。