高研院以“中國思想傳統與文化變遷”哲學社會科學985國家創新基地為基礎，以教育部人文社會科學重點研究基地中國現代思想文化研究所、中國文字研究與應用中心為主幹，以中文系、歷史系、哲學系與古籍研究所為依托，是直屬學校的實體性人文研究機構。
高研院實行院務委員會領導下的院長負責制，設有學術委員會，負責人才招聘與學術成果評審。下設6個研究中心，並擁有20個流動科研編制，提供壹流的研究條件，引進海內外各學術層次的傑出人才；接受不同類型的訪問教授、兼職教授和訪問學者駐院研究；獨立招收研究生和博士後。
高研院以學術研討會、學術論壇、專題研討班、學術沙龍等形式，舉行多樣的學術活動，並與海內外高校的重要學術研究機構進行多層面的學術合作與交流；設有思勉人文講座，邀請海內外著名學者蒞臨演講；下轄思勉人文圖書館，收藏專題性圖書、報刊資料20余萬冊；開設思勉人文網，內有中國古籍、中國現代思想、中國現代文學、中國文字數字化、江南學、海外中國學等多個大型數據庫，供海內外讀者公開查閱、使用。
高研院的目標是：經過若幹年的建設，成為國內壹流、國際有影響的人文學科綜合性研究機構。