《神農本草經·序》以術數思想為依據，對365種藥物進行分類，旨在按壹年365天的時間單位進行系統整理。這個分類把藥物分為上、中、下三類，每壹類都有不同的性能和功效。比如“上藥”主要是為了養命，無毒，長期服用不傷人；“中醫”以滋補為主，有無毒之分；“開藥”主要治療疾病，多為毒性藥物。這種分類方法為用藥提供了理論依據，為藥理學奠定了基礎。整部《神農本草經》包含了豐富的藥物理論，尤其是前言，總結了藥物學的方方面面，為後世藥物學的發展奠定了基礎。