從20世紀90年代至今（截至2012年），馬少青先後出版了《積石山的路》（文學集）、《東鄉族裕固族保安族民間故事集》（保安族民間故事集）、《中國少數民族風土遊記》（保安族）、《保安族》《保安族文化形態與古籍文存》《甘肅民俗總覽》（保安族）、《保安族研究文集》《中國少數民族古籍總目提要·保安族卷》《甘肅少數民族文學叢書》《跬步集》《甘肅民族民間文化保護工作指南》《河州花兒》《保安腰刀》《中國保安族》《保安族研究論文集》《甘肅特有民族文化形態研究》（保安族部分）等40余種專著、編著。
2012年，由黃河出版集團寧夏人民出版社出版的《中國保安族》壹書，是保安民族文化的集大成者，是壹部保安族文化的百科全書。 撰寫並發表了《花兒的口傳與文本——兼論花兒文獻的保護意義》《論甘肅民族民間文化的保護》《關於甘肅省文化建設長期發展問題的思考》等專業論文。