郭子光在學術上影響較大的著作，如《傷寒論湯證新編》、《日本漢方醫學精華》、《中醫各家學說》等，都是在廣泛閱讀和精深思考後編著而成。廣博使他的學術成就是多方面的，精深使他的理論探索富有創意。他在《傷寒論湯證新編》壹書中，提出“病理反應層次”學說，是現代研究傷寒頗有影響的新說。該書出版時，海峽兩岸還處於阻隔階段，但臺灣壹家書店將其多次出版，作為臺灣中國醫藥學院的教材。
在郭子光的學術道路上，有壹篇裏程碑式的文章，那是1979年《中醫雜誌》首頁上發表的《傷寒論證治規律的探討》，***7頁，當時他還是壹名助教。
上世紀八九十年代，是郭子光學術的鼎盛時期，他集中發表大量論文，受邀在國內外四處講學。1986年，郭子光應日本東洋醫學會邀請，作“小柴胡湯證治”特別演講。
他在臨床上力主“病證結合”診療，歸納出“病證結合”論治的四種形式，指出每種形式的特點、優點和適應範圍,包括分型論治、分期論治、方證相對論治、以基礎方加減論治四個方面，這樣既重視整體調治，也重視局部的病理損傷，促進中醫對許多疾病的病機與證候的認識更深入更具體。
他開掘中醫康復學術領域，提出“現代中醫康復醫學”基本框架。以前中醫古籍有關中醫康復的內容散見於各科著述中，郭子光把零零碎碎的經驗、認識，提高到學科體系的高度，進行系統化整理、研究。他對康復理論與方法的原理與具體運用作了具體闡述。
他不斷創新中醫理論，在繼承前人的基礎上，提出了六經方證為“病理反應層次”學說，被認為是傷寒新說；提出的“三因鼎立”學說，被認為是對中醫病因發病學的經典概括；提出了創立“六經辨證新體系”作為發展傷寒學說的遠景目標。他始終致力於中醫發展戰略研究，在全國率先開掘中醫康復學科領域，提出創立“現代中醫康復學”的框架構想。臨床主張“病證結合”，提出“臨證八步驟”等臨證要訣，極大地豐富了中醫臨床理論。“郭子光學術思想及臨證經驗研究”課題，被納入國家“十五”科技攻關計劃加以研究。 郭子光主編出版《現代中醫治療學》、《傷寒論湯證新編》、《日本漢方醫學精華》等近20部，參編著作20余部，發表論文160余篇。他積極推進中醫國際化，曾多次應邀去日、韓等國講學交流，發揚國粹，深受好評。
《肺結核病》(人民衛生出版社，1983)，提出具有普遍性的“三因鼎立”之說，而形成下述發病公式：原因十誘因十素因致疾病，是對中醫發病學的發揮。
《傷寒論湯證新編》(上海科學技術出版社，1983)，提出“病理層次”之說，闡述傷寒六經證治規律，從壹個側面發揮了仲景學理。
《中醫康復學》(四川科學技術出版社，1986)，在全國率先開拓中醫康復學術領域。
《日本漢言醫學精華》(四川科學技術出版杜，1990)，是介紹日本漢方醫學特點的專著，體現科學無國界，能容則大的思想。
《中醫奇證新編》(湖南科學技術出版社，1965)，集古今奇證治驗之大成，加按闡明機理。 1992年享受國務院政府特殊津貼；
2002年，被確定為全國第三批老中醫藥專家學術經驗繼承工作指導老師。
2009年，被評為首屆國醫大師。
榮獲四川省康復醫學會頒發“學科發展傑出貢獻獎”、中華中醫藥學會“終身成就獎”。