此時力倡“國學”者還是國粹派。1904年，鄧實在上海的《政藝通報》第3期發表《國學保存論》，論述了保存“國學”的重要性。次年1、2月間，鄧實、黃節等人在上海成立了國學保存會，以“研究國學，保存國粹”為宗旨，發行《政藝通報》、《國粹學報》。參加者多為中國同盟會會員或傾向革命的知識分子。“國學”、“國粹”兩詞難分軒輊，都流行於20世紀初年，蘊含愛中知識分子文化反思的意義。他們把文化傳統冠之以“國”，包含了深厚的愛國情結。當然，兩者內涵不無差異。“國粹”以“國學”為依托，而“國學”更為寬泛。壹般來說，“國粹”的重心在“粹”，不無保守色彩，以國粹派為代表；“國學”的實質在“學”，沒有明確的思想傾向，論者包括國粹派及其以外的許多學者。
關於“國學”的定義，1906年，鄧實在《國粹學報》撰文說：“國學者何？壹國所有之學也。有地而人生其上，因以成國焉，有其國者有其學。學也者，學其壹國之學以為國用，而自治其壹國也。”（鄧實《國學講習記》，《國粹學報》第19期）他強調了國學的致用性，又把“國學”當作“壹國所有之學”，概念較為寬泛。事實上，“國學”壹詞泛指中國傳統學術，外延則因語境變化而有差異。他們有時凸顯諸子學，有時重視經學，卻始終未以儒學或經學代替國學，而是以經、史、子、集為基本內容。國粹派學術重鎮劉師培較重視儒學，也沒有以儒學代替國學。他的《國學發微》沒有界定“國學”，重點分析儒學的流變，也涉及子學。這與鄧實強調“孔子之學固國學，而諸子亦國學”的主張基本壹致（鄧實《古學復興論》，《辛亥革命前十年間時論選集》第2 卷上冊,第59頁,三聯書店,1963年）。最有影響的國學大師章太炎也不例外。
國學保存會成立時，章太炎正系獄上海西牢，沒有參與其事。然而，他是國學保存會及國粹派的思想領袖。因此，他的“國學”概念頗具代表性。他壹生多次講演“國學”，而較系統、重要的講學則有三次：
1906年，章太炎出獄東渡，鼓吹反滿革命，又註重研究國學、發揚國粹。是年9月，留日青年成立國學講習會，公認章氏為“國學界之泰鬥”，請其講授國學。他們宣布講授內容“壹，中國語言文字制作之原；壹，典章制度所以設施之旨趣；壹，古來人物事跡之可為法式者。”此外，“先生治佛學尤精，謂將由佛學易天下，臨講之目，此亦要點”（國學講習會發起人《國學講習會序》，《辛亥革命前十年間時論選集》第2 卷上冊，第501-502頁）。可見，章氏所講“國學”主要是語言文字、典章制度和歷史（章太炎認為“國粹”“可分三項：壹是語言文字，二典章制度，三是人物事跡”。見1906年7月15日《東京留學生歡迎會演說辭》，《章太炎政論選集》上冊第276頁。可見，此時，章氏“國學”、“國粹”概念基本相同）。他把經、史、子、集研究包括於“國學”之內，尤重闡明治學途徑。1922年4至6月間，章太炎在上海講“國學大概”和“國學派別”10次。每次聽講者數百人至數十人不等，報紙廣為宣傳，形成章氏第二次講學高潮。講學內容由曹聚仁記錄整理成《國學概論》壹書，涉及經、史、子、集，但以經、子為主，此書“概論”部分闡明作者有關“國學”的幾個見解。此書第二部分講“國學之派別”，其中“經學之派別”以古文經學為主，“哲學之派別”以先秦諸子和後世儒學為重點，“文學之派別”則述歷代文學成就（章太炎《國學概論》，曹聚仁整理、湯誌鈞導讀，上海古籍出版社出1997年）。1934年，章太炎在蘇州創辦章氏國學講習會，所講內容最為豐富、系統，體現其晚年的學術總結。講稿後經多人整理出版。這部講稿約16萬余字，比以前的《國故論衡》、《國學概論》篇幅為多。全稿***分“小學略說”、“經學略說”、“史學略說”、“諸子略說”、“文學略說”5部分。他在重視傳統學術方法（如文字學）的同時，仍以傳統的經、史、子、集為“國學”中心內容。這反應了晚清“國學”概念的主流。
“五四”以後，“整理國故”風行壹時。“國故學”壹詞流行開來，大有取代“國學”之勢。“五四”知識分子的思想觀念與國粹派差異甚大，編成《國故學討論集》的許嘯天說：“‘國故學’三個字，還算是近來比較的頭腦清晰的人所發明的。有的稱‘國學’，有的稱‘舊學’，有的稱‘國粹學’。”（《國故學討論集新序》第3頁，《國故學討論集》第1集，群學社1927年版）
何謂“國故學”？吳文祺認為應區分“國故學”與“國故”，“國故”是材料，而“國故學”是壹種科學。“用分析綜合比較種種方法，去整理中國的國故的學問，叫做國故學”（吳文祺《重新估定國故學之價值》，《國故學討論集》第1集，第41頁）。他們所謂“國故”是指包括經、史、子、集在內的整個傳統學術本身。而“國故學”則是對其進行客觀的研究、闡述。因而，曹聚仁承認，“習常之目‘國故’殆和疇昔所謂‘中學’‘國學’者同其內包外延”（曹聚仁《國故學之意義與價值》，《國故學討論集》第1集，第60-65頁）。事實上，傳統學術本身也包含歷代對前人的“研究”，“國故學”壹詞凸顯“研究”“整理”，只是強調了對傳統糟粕的揚棄。“國學”繼承考據、訓詁、校註等傳統方法，又汲取西學，註重實證研究。“國故學”也是如此。質言之，“國故學”、“國學”的基本內容和研究方法並無大異，主要歧異在於思想觀念，即以何種態度對待、研究傳統學術。大體而言，“五四”知識分子較之晚清壹代更註意清理傳統學術的糟粕。少數人以“國故學”為標幟，主要是顯示與舊式學者的思想區別。
事實上，名詞並不能標示思想區別。“五四”時期的“舊派”“新派”國學家都使用了“國故”壹詞。1919年初，新舊文化激烈交鋒之時，北大較保守的學者創辦《國故》月刊以“昌明中國故有之學術”。在此背景下，毛子水、傅斯年在《新潮》雜誌撰文，針對“抱殘守缺”“追摹國故”的傾向而提出用科學的態度和方法“整理國故”。這玫看法得到胡適等人的支持。所謂“整理”，並非限於考證、訓詁，還包括了評判價值、探尋因果。他們既以現代觀念以掘、闡揚古學，又強調清理“國渣”，打倒“偶像”。顧頡剛在《古史辨》第四冊序言中指出：“我們古史裏藏著許多偶像。”帝系代表種族的偶像，王制為政治的偶像，道統為倫理的偶像，經學為學術的偶像。研究古史就是要打破這些偶像，“使他們各回復其歷史的地位”（顧頡剛《序》，羅根澤編《古史辨》第4冊，第13頁。樸社1930年版，上海書店《民國叢書》第4編影印本）。“整理國故”打上新文化烙印。
“國故學”流行之時，“國學”壹詞並未消失。“整理國故”的提倡者、研究者往往是兩者並用，互相替代。胡適說：“‘國學’在我們眼裏，只是‘國故學’和縮寫。中國的壹切過去的文化 歷史，都是我們的‘國故’；研究這壹切過去的歷史文化的學問，就是‘國故學’，省稱‘國學’。”（胡適《〈國學季刊〉發刊宣言》，張若英編《中國新文學運動史資料》第195頁，光明書局1934年版）隨著“五四”新文化浪潮低落，“國學”壹詞在30年代得到普遍承認和運用，“國故學”則消聲匿跡。
二三十年代，“國學”壹詞沒有權威定義，“國學”本身卻已長足發展。“整理國故”聲勢所及，國學研究機構和刊物雨後春筍般地出現 。隨著中西學術融合的進壹步深入，壹些大學的國學門或國學研究所涉及四部之外的藝術、考古等， 但壹般還是把“國學”解釋為“中國傳統的學術”，主要內容仍是經、史、子、集。在清華國學研究院，吳宓認為，“所謂國學者，乃指中國學術文化之全體而言。”梁啟超、王國維等指導學生所寫的論文卻不出經、史、子、集範圍。有人指出：“關於‘國學’的書籍雖稱‘浩如煙海’……直到今日，經、史、子、集的四分制，還在廣多的應用。這種分類法，在現代目錄家看來，自然是毫無意義。但在壹般研究‘國學’的人，卻還以為沒有打破的必要，因為有他的歷史的意義和價值的存在。”（譚正璧編《國學概論講話》第9頁，光明書局1934年版）
民國年間出版大量名不“國學”的書籍，具體分類或有差異，卻基本沒有離開經、史、子、集四門學術中心。馬瀛編的《國學概論》，分為經學、哲學（包括諸子學、理學、佛學）、史學、文學、其他學術等 5大部分（馬瀛編《國學概論》第19頁，大華書局1934年版）。眾多國學普及讀物也不例外。蔣梅笙所著《國學入門》，***分12章，其標題為：經學、諸子學、秦之反經學、兩漢傳經學、漢末之新學說、魏晉玄學、南北朝隋唐之經學佛學、宋明理學、清代考證學、史學大略、文學大略、最近學術思想（蔣梅笙《國學入門》第2-3頁，正中書局1934年版）。張振鏞編的《國學常識答問》（商務印書館1935年版），全書分文字學、經學、子學、史學（附地理學）、理學、詩歌、文章、詞曲、小說戲曲等 9部分；李冷衷編的《國學常識述要》“分類悉從四部，間有出人，亦能順序以求”（李冷衷編述《國學常識述要》第1頁，北京書局1934年印刷）；上海大東書局出版的“國學常識”叢書，***有小學、經學、史學、文學、詞學、音韻、理學、子學、詩學、說部等10種。
20年代以後，京、滬等 地出版了十數種以“國學”為名的期刊。如北大的《國故》、《國學季刊》、《國學月刊》、《國學周刊》；北京述學社的《國學月報》；清華學校研究院的《國學論叢》；北平中國大學的《國學叢編》等。在上海，有國學昌明社的《國學雜誌》；國學研究會的《國學輯林》；大東書局出版的《國學月刊》等。京、滬之外，以宋育仁為會長的四川國學會在20年代初印行《國學月刊》；南京東南大學、南京高師的國學研究會出版了《國學叢刊》；廈門大學有《國學專刊》； 至30年代，江蘇的蘇州、無錫等中小城市也有國學機構和刊物。
這些刊物思想傾向不同，以經、史、子、集為學術重心的面貌則無大異。上海大東書局的《國學月刊》，英文名為Sinologists’Monthly，本意泛指整理個“中國學”或“漢學”。然而，該刊發表的論著仍不出四部範圍。北大的《國學季刊》雖刊載與“國學”相關的東方語言、印度宗教哲學內容，重心仍在“四部”。福建的《國學專刊》、成都的《國學月刊》與此類似。南的《國學叢刊》第二期發下陸續刊發小學、經學、諸子、史學、文學等專號。另壹方面，30年代以後，“國學”概念也出現“泛化”情形，有些研究機構或刊物甚至把西學門類納入“國學”。這已背離“中國傳統學術”的實質，最終使“國學”分解於現代學術門類之中。除了學術轉型、發展的因素之外，概念“泛化”壹定程度導致“國學”的解體或消亡。而繼續存在的無錫國學專門學校、章氏國學講習會仍以四部為重心。
綜上所述，盡管人們的認識不同，但20世紀早期“國學”的實質和基本內涵並無根本改變。它不是漫無邊際，而是指中國傳統學術，主要研究內容則是源遠流長的經、史、子、集。無論采取考證訓釋的傳統方法，還是采納西方思想和方法，都與“國學”沒有沖突。但如果完全背離其本質和重心，則必然導致“國學”消亡。