1、內容不同：《全註全譯史記》第壹版（2000年出版）和第二版（2014年出版）之間的主要區別在於內容的增加。第二版在第壹版的基礎上增加了《太史公自序》、《史記表》、《後記》等內容。
2、質量不同：全註全譯史記》第二版的排版和印刷質量也有所提高，字體更加清晰，排版更加美觀。