星宿說
十二生肖吳泰
古人將黃道與赤道附近的恒星分為“二十八星宿”。二十八宿也分別代表壹種動物。古代將周天等分十二分，用十二支表示，而十二支配屬生肖，生肖與二十八星宿存在對應關系。明代大學士王鏊認為，二十八種動物配屬二十八星宿，並“以七曜統之”，成“女土蝠，虛日鼠，危月燕，子也”的格局。清代李長卿在《松霞館贅言》認為，二十八宿配動物“即前十二屬加壹倍者也“，“亢金龍，辰官也，角木蛟附焉。蛟，龍類也”，體現十二生肖為基礎湊齊二十八種星宿動物。但該說難免有附會，二八星宿配動物的記載要晚於十二生肖。
歲星說
十二生肖方雄楚
木星十二年運行壹周天，從木星位置可確定年度支序。《玉函山房輯佚書》認為每十二年，“三歲穰，三歲毀，三歲康，三歲旱”，另說是“天下六歲壹穰，六歲壹康，幾十二歲壹饑”。 植物興衰和動物生活環境存在周期，食草動物（鼠、牛、馬、羊）和肉食雜食動物在不同年份的生活條件大不相同，不同年份出生的人如能模仿當年生長旺盛的動物，從而形成生肖動物，以此推定動物興衰與木星年有關，十二生肖和十二辰相統壹。
圖騰說
十二生肖陶瓷
原始社會的先民常用某種動物、無生物或自然現象的圖形作為本氏族的保護神和標誌，即圖騰。《山海經》諸如人和野獸的混合形象形象就是遠古各地的圖騰神。夏族的圖騰是熊或魚，商族的圖騰是玄鳥，周族的圖騰則有龍、鳥、龜、犬、虎諸說。十二生肖除龍為虛幻之物，其余皆是日常可見。其中可分兩類，即“六畜”（馬牛羊雞狗豬）和“六獸”（鼠虎兔龍蛇猴），前者是人們為了經濟目的而馴養，後者則壹定程度騷擾人類生活，先民對其心生畏懼的動物。因此這些動物被作為本氏族的名號標記來崇拜。
民族學者劉堯漢從彜族的圖騰遺跡，反推“十二獸歷”的來源，桂西彜和毛道彜的十二獸歷法將人與紀歷十二獸同列，“是原始人人獸不分的思想意識在現實的遺留”。至今彜族仍用十二獸歷紀日並用於集市之名（如虎街、兔街）。《史記·五帝本紀》記述黃帝“教熊羆貔貅軀虎，以與炎帝戰於阪泉之野”，文中所言是各部落圖騰，絕非真有降龍伏虎本領。十二生肖來源於原始社會的圖騰崇拜，成令人信服的學說。
外來說
十二生肖漢白玉雕塑
清代趙翼在《陔余叢考》中，“蓋北俗初無所謂子醜寅卯之十二辰，但以鼠牛虎兔之類分紀歲時，浸尋流傳於中國，遂相沿不廢耳”，認定生肖的外來性質。
郭沫若在《釋幹支》中，認為十二生肖源於巴比倫的黃道十二宮，漢代西域諸國仿十二宮而造十二生肖。 古希臘、古埃及、巴比倫等古國也有類似的十二生肖，僅動物不同，由此中國的生肖也許並非首創。但秦簡的出土推翻此說，世界各國都有類似的動物崇拜，反加強圖騰說的合理性。