孫思邈自幼聰慧過人，七歲就能夠日誦千文，當時西魏的柱國大將軍獨孤信感嘆說：“這是壹個聖童啊。看來根器大，很難被塵世間所用。”
孫思邈長大之後，精通百家學說，善談老子、莊周之道。周宣帝的時候，時局動蕩，他隱居在陜西太白山學道，煉氣養神，尋求救濟世人之術。他又洞曉天文推步，研究精通醫藥，暗中做了不少善事。
有壹次他見到壹條“小蛇”為牧童所傷，正在出血，他脫下自己的衣服從牧童手中贖出“小蛇”，在傷口處敷上藥，將它放回草叢中。
過了十幾天出門，孫思邈碰到壹個身穿白衣的英俊少年騎馬經過。這個少年跳下馬背，拜謝孫思邈說：“謝謝您救了我的弟弟。”孫思邈很驚訝，不知道他是什麽意思。少年又盛情邀請孫思邈到家中做客。
他將馬讓給孫思邈騎，自己牽著馬幾乎像足不沾地壹樣地飛，轉眼就到了壹處城郭，裏面花木盛開，房舍金碧輝煌，壹派王家氣派。少年邀請孫思邈進門，壹個身著絳色衣、頭戴帽子的人，身後跟著很多侍從，笑容滿面地迎了上來。
他向孫思邈再三道謝說：“承蒙您的重恩，所以特意派兒子去請您。”他回過頭指著壹身穿青衣的小男孩說：“前幾天他獨自出門，被牧童所傷，幸虧您脫衣贖救才有今日。”於是讓青衣男孩拜謝孫思邈。孫思邈這才想起前些日子脫衣救小蛇的事情。他偷偷問旁邊的人此處是哪裏，那人告訴他：“這是涇陽水府。”原來他救的不是什麽“小蛇”，而是龍王的兒子。
絳衣龍王安排設宴伴歌舞款待孫思邈，孫思邈推辭說自己在辟谷服氣，只喝了壹點酒。這樣過了三天，龍王又送他透明帶花紋的絲織品和金珠。孫思邈堅決不肯接受。龍王於是令自己的兒子取來龍宮奇方三十首送給孫思邈，說：“這些藥方可以幫助道者濟世救人。”然後龍王安排人馬把孫思邈送了回去。
孫思邈使用這些藥方後，發現它們確實靈驗。於是他將這些藥方寫入了《千金方》中。
孫思邈將所得的三千仙方，混入了所著《千金方》中，沒有人知道哪個是昆明池的仙方。
孫思邈曾經隱居在終南山上，與宣律和尚時常往來，互相交流修煉中的所得。有年恰逢大旱，有個西域僧人向皇帝請求在昆明池結壇祈雨，皇帝便命官吏準備香燈。
過了七天，昆明池的水位卻下降了數尺。忽然有位老者夜晚登門向宣律和尚求救，說：“我是昆明池的龍，天不下雨，並非是我的原因。而那胡僧，想得到我的腦來入藥，欺騙天子說祈雨。如今我命在旦夕之間，求您能用法力護我周全。”
宣律和尚說：“我僅僅是守持戒律而已，妳可以求助於孫先生。”於是老者便到孫思邈的石室中求救。孫思邈對他說：“我知道昆明池龍宮有仙方三千首，妳把仙方傳我，我就救妳。”老者道：“此仙方天帝不許亂傳，如今事出緊急，也沒有什麽好舍不得的了。”過了壹會，老者便將仙方捧來送給孫思邈。孫思邈收下方子，對他說：“妳只管回去吧，不必憂慮胡僧的事了。”從那時起，昆明池水突然上漲，沒過幾天，就溢出了池岸。胡僧羞愧惱怒而死。
孫思邈將所得的三千仙方，混入了所著《千金方》中。孫思邈死後，當時有人曾見到過。
隋文帝曾召孫思邈做國子博士，孫思邈沒有去。他對人說過：“這五十年，會出現聖人，那時我才去助他救濟生民。”到唐太宗召他，他才去到京師。太宗驚訝於他容貌年輕，說道：“故知有道者誠可尊重。我壹老朽之人豈虛言哉。”
永徽三年，孫思邈已經有壹百多歲了。有壹天他沐浴之後，穿好衣冠，對自己的子孫說：“我今天要離開這裏去遊無何有之鄉去了。”沒有多久，孫思邈就死了。可是他的屍身過了壹個多月還是面色紅潤。到放入棺材下葬的時候，卻發現僅僅剩下衣服了。
唐玄宗在蜀中避難的時候，壹天夢到孫思邈向他要武都雄黃，於是派了個使者帶著十斤雄黃送往峨眉山頂。使者上山還沒到壹半的時候，看到壹個人，頭戴方巾，身穿布衣，須發皆白，兩邊各有壹個圓形發髻的青衣童子。那人指著壹塊大磐石說：“妳可以把藥放在這兒。石頭上是寫給皇上的謝表。”使者看到上面果然有壹百多個大字，於是抄寫下來，他每寫壹個字，石頭上那字就消失了，等全部抄完，石頭上壹個字都沒有了。轉眼間有白氣漫起，使者再看時，哪裏還有個人影。
參考資料：
《酉陽雜俎》
《有象列仙全傳》