學位論文
《六朝時代的建康》（臺北：國立臺灣大學歷史系博士論文，1982）。
出版著作
《六朝的城市與社會》（臺北：學生書局，1992）。
《慈悲清凈──佛教與中古社會生活》（臺北：三民書局，2000）。
劉淑芬著，任大熙譯，《六朝的城市與社會》（韓文版）（韓國，?市：景仁文化社，2007）。（註：本書系舊作，但譯本有新增和校訂部分。
《中古的佛教與社會》（上海：上海古籍出版社，2008.1）。
《滅罪與度亡──佛頂尊勝陀羅尼經幢之研究》（上海：上海古籍出版社，2008.9）。
學術論文
〈六朝建康的經濟基礎〉，《食貨月刊》（復刊）11.11/12 (1983)：1-14。
〈六朝建康的園宅〉，《大陸雜誌》66.3 (1983)：39-47。
〈建康與六朝歷史的發展〉，《大陸雜誌》66.4 (1983)：36-47。
〈六朝建康與北魏洛陽之比較〉，《臺灣大學建築與城鄉研究所學報》2.1 (1983)：177-189。
〈六朝建康城的興盛與衰落〉，《大陸雜誌》67.4 (1983)：23-40。
〈六朝時代的建康──市廛民居與治安〉，《大陸雜誌》68.4 (1984)：23-45。
〈清代鳳山縣城的營建與遷移〉，《高雄文獻》20/21 (1985)：5-46。
〈清代的鳳山縣城 (1684-1895)：壹個縣城遷移的個案研究〉，《高雄文獻》20/21 (1985)：47-63。
〈清代臺灣的築城〉，《食貨月刊》（復刊）14.11/12 (1985)：484-503。
〈六朝會稽士族〉，《中央研究院歷史語言研究所集刊》56.2 (1986)：285-327。
〈六朝南海貿易的開展〉，《食貨月刊》（復刊）15.9/10 (1986)：379-394。
〈三至六世紀浙東地區經濟的發展〉，《中央研究院歷史語言研究所集刊》58.3 (1987)：485-524。
〈近四十年來中***魏晉南北朝史的研究〉，《民國以來國史研究的回顧與展望研討會論文集》（臺北：國立臺灣大學，1988）。
〈中古坊制初探〉，《中央研究院歷史語言研究所集刊》61.2 (1989)：293-315。
〈中古都城坊制的崩解〉，《大陸雜誌》82.1 (1991)：31-48。
〈五至六世紀華北鄉村的佛教信仰〉，《中央研究院歷史語言研究所集刊》63.3 (1993)：497-544。
〈北齊標異鄉義慈惠石柱──中古佛教社會救濟的個案研究〉，《新史學》5.4 (1994)：1-50。
〈慈悲喜舍──中古時期佛教徒的社會福利事業〉，《北縣文化》40 (1994)：17-20。
“Art, Ritual and Society: Buddhism practice in Rural China during the Northern Dynasties,” Asia Major 8.1 (1995): 19-46.
〈佛頂尊勝陀羅尼經和唐代尊勝經幢的建立──經幢研究之壹〉，《中央研究院歷史語言研究所集刊》67.1 (1996)：145-193。
〈從本願寺石刻看唐代獲鹿的地方社會〉，見簡牘學會編輯部主編，《勞貞壹先生九秩榮慶論文集》（收入《簡牘學報》〔臺北：蘭臺出版社，1997〕，第16期），頁119-151。
〈經幢的形制、性質和來源──經幢研究之二〉，《中央研究院歷史語言研究所集刊》68.3 (1997)：643-786。
〈林葬──中古佛教露屍葬研究之壹（壹）、（二）、（三）〉，《大陸雜誌》96.1 (1998)：22-31；96.2 (1998)：25-43；96.3 (1998)：20-40。
〈石室瘞窟──中古佛教露屍葬研究之二（壹）、（二）、（三）〉，《大陸雜誌》98.2 (1999)：49-60；98.3 (1999)：97-113；98.4 (1999)：145-152。
〈唐代俗人的塔葬〉，《燕京學報》新7 (1999)：79-106。
〈中古的宦官與佛教〉，《鄭欽仁教授榮退紀念論文集》（臺北：稻香出版社，1999），頁45-70。
“Death and Degeneration of Life: Exposure of Corpse in Medieval Chinese Buddhism,” Journal of Chinese Religions 28 (2000): 1-30.
〈從民族史的角度看太武滅佛〉，《中央研究院歷史語言研究所集刊》72.2 (2000)：1-48。
“Jiankang and the Commercial Empire of the Southern Dynasties Change and Continuity in the Medieval Chinese Economics History,” in Culture and Power in the Reconstitution of the Chinese Realm 200-600, ed. Scott Pearce, Audrey Spiro and Patricia Ebrey ( Cambridge, Mass.: Harvard University Asia Center, 2001), pp. 35-52.
〈北魏時期的河東蜀薛〉，《中國史學》11（東京：中國史學會，2001），頁37-55。
〈年三月十──中古後期的斷屠與齋戒（上）、（下）〉，《大陸雜誌》104.1 (2002)：15-33；104.2 (2002)：16-30。
“Ethnicity and the Suppression of Buddhism in Fifth-Century North China: The Background and Significance of the Gaiwu Rebellion,” Asia Major 15.1 (2002): 1-22.
〈墓幢研究──經幢研究之三〉，《中央研究院歷史語言研究所集刊》74.4 (2003)：673-763。
〈「客至則設茶，欲去則設湯」──唐、宋時期世俗社會生活中的茶與湯〉，《燕京學報》16 (2004)：117-155。
〈六朝建康的佛寺與城市空間〉，《古代都市與王權》（「百濟研究叢書」第13輯，韓國：忠南大學百濟文化研究所，2005）（註：本文系以韓文發表）。
〈中古僧人的「伐魔文書」〉，收入蒲慕州編，《鬼魅神魔──中國通俗文化側寫》（臺北：麥田出版社，2005），頁135-173。
〈戒律與養生之間──唐宋寺院中的丸藥、乳藥和藥酒〉，《中央研究院歷史語言研究所集刊》77.3 (2006)：357-400。
〈唐、宋寺院中的茶與湯藥〉，《燕京學報》19 (2006)：67-97。
〈中國撰述經典與北朝佛教的傳布──從北朝刻經造像碑談起〉，見簡牘學會編輯部主編，《勞貞壹先生百歲冥誕紀念論文集》（收入《簡牘學報》〔臺北：臺北市簡牘學會，中華簡牘學會，2006〕，第19期），頁249-276。
〈六朝建康的佛寺與城市空間〉，收入《鄭欽仁教授七秩壽慶論文集》（臺北：稻鄉出版社，2006），頁57-84。
〈「禪苑清規」にみる茶禮と湯禮〉，收入京都大學人文科學研究所編，《中國宗教文獻研究》（京都：臨川書店，2007），頁119-162。（註：本文以日文發表）
〈中古佛教政策與社邑的轉型〉，《唐研究》13 (2007)：241-299。
〈禪苑清規中所見的茶禮與湯禮〉，《中央研究院歷史語言研究所集刊》78.4 (2007.12)：629-671。
〈唐、宋時期僧人、國家和醫療的關系：從藥方洞到惠民局〉，收入李建民編，《從醫療看中國史》（臺北：聯經出版事業公司，2008.10），頁145-202。
〈香火因緣──北朝的佛教結社〉，收入黃寬重主編，《中國史新論?基層社會分冊》（臺北：中央研究院?聯經出版事業公司，2009.6），頁219-272。
〈玄奘的最後十年 (655-664)──兼論總章二年 (669) 改葬事〉，《中華文史論叢》95 (2009.9)：1-97。
The Return of the State: On the Significance of Buddhist Epigraphy and its Geographic Distribution in Early Medieval China, in Early Chinese Religion, Part Two: The Period of Division (220-589 AD), ed. John Lagerwey and Lü Pengzhi (Leiden: Brill, 2009), pp. 319-342.
〈從《禪苑清規》看唐宋時期的茶、湯禮與養生文化〉，《知識饗宴系列》（臺北：中央研究院，2010），頁184-207。
書評與翻譯
〈讀《中國歷史上的人口》〉，《食貨月刊》（復刊）13.7/8 (1983)。
會議論文
“Ethnicity and Suppression of Buddhism in 5th-Century Chang'an” (conference paper for The 50th Annual Meeting of the Association for Asian Studies, Washington D. C., March 28, 1998).
〈從家廟到功德墳寺──壹個文化史的角度看唐宋變革〉，發表於北京大學中國古代史研究中心主辦，「唐宋時期的社會秩序與社會流動」學術研討會，北京：北京大學，2004年7月18-19日。
〈六朝建康的佛寺與城市空間〉，發表於「王權與都市」國際研討會，韓國：忠南大學百濟文化研究所，2004年10月26-27日。
“唐宋寺院中的茶與湯藥” (conference paper for Buddhist Monasticism in East Asia Conference, Cambridge, England, July 1-2, 2004).
〈唐宋寺院中的丸藥、乳藥和藥酒〉，發表於第二屆亞洲醫學史學會主辦，「宗教與醫療」國際學術研討會，臺北：中央研究院歷史語言研究所，2004年11月16-19日。
〈《禪苑清規》中所見的茶禮與湯禮〉，發表於京都大學人文科學研究所主辦，「中國宗教文獻研究──京都大學人文科學研究所創立七十五周年記念」國際學術研討會，日本：京都大學，2004年11月18-21日。
〈從藥方洞到惠民局──僧人、國家和醫療的關系〉，發表於中央研究院歷史語言研究所主辦，「從醫療看中國史」國際研討會，臺北：中央研究院歷史語言研究所，2005年12月13-15日。
〈唐、宋時期的功德寺──以懺悔儀式為中心的討論〉，發表於中央研究院歷史語言研究所主辦，「唐宋社會變遷」國際研討會，臺北：中央研究院歷史語言研究所，2006年9月4-5日。
“The Return of the State: On the Significance of Buddhist Epigraphy and its Geographic Distribution in Early Medieval China” (conference paper for Rituals, Pantheons and Techniques: A History of Chinese Religion before the Tang, Paris, December 18-21, 2006).
〈從造像碑看南北朝佛教的幾個面相〉，發表於中央研究院歷史語言研究所主辦，「中國史新論?宗教篇與性別篇」研討會，臺北：中央研究院歷史語言研究所，2007年5月1-3日。
〈唐、宋時期的功德寺──以懺悔儀式為中心的討論〉、〈附論：功德寺的意涵〉，發表於中國歷史學會、國立政治大學、新史學社等主辦，第三屆中國史學會──「基調與變奏：7-20世紀的中國」國際學術研討會，臺北：國立政治大學，2007年9月3-5日。
〈玄奘的最後十年 (655-664) ──兼論669年改葬事〉，發表於發表於中央研究院歷史語言研究所講論會，2008年10月27日。
〈香火因緣──北朝佛教信仰團體之研究〉，發表於中央研究院歷史語言研究所與中興大學人文與社會科學研究中心合辦，「《中國史新論：基層社會》」座談會，臺中：惠蓀農場，2008年11月29日至12月1日。
〈高僧形像的傳播與回流──從「玄奘負笈圖」談起〉，發表於成功大學歷史系主辦，「宗教傳播與宗教沖突：第二屆東亞歷史變遷」國際學術研討會，臺南：成功大學，2009年11月14-15日。
其它
〈中國歷史上的舍利信仰〉，《靜宜大學新聞深度分析簡訊》94 (2002)。
〈借水澄心，即茶演法──唐、宋寺院中的茶、湯、藥與儀節〉，《中央研究院周報》1017 (2005.4.28)：4-6。