截至2014年，蘇州大學圖書館***分十部壹室壹站，各部門設置及職能如下：
辦公室：負責全館財務、組織、人事、科研、文書、檔案、辦公設備和行政等方面的管理和業務統計，協助館領導做好活動組織、宣傳等工作，並指導各部門、各區館的行政等工作。
公***服務部：負責圖書館整體形象的宣傳與推廣，包括文化環境建設、各類宣傳材料的制作、《東吳圖情通訊》的編印、公***場所的管理和布置；負責圖書館的部分接待與外聯工作；提供復印、打印、電腦刻字等各種服務。
文獻建設部：負責圖書館的紙質圖書、報刊、電子出版物的采訪與購置，對入館的紙質文獻進行驗收、分類、編目、加工及典藏等工作，並負責館藏信息的宣傳報道，編制聯合目錄等； 合理使用經費、定期向館長提交經費使用統計分析材料；負責館藏文獻資源的回溯及書目數據整理工作；做好文獻的征集、交換、捐贈工作及與院系資料室的***建***享工作。
信息咨詢部：負責開展信息調研及咨詢服務，包括數據庫的試用調研及利用分析、信息查詢服務、文獻傳遞服務、科技查新服務、網上資源的開發利用及資源整合、圖書館主頁的更新維護、數據庫的數據維護和更新等、解答各類讀者咨詢、電子資源宣傳和培訓、計算機檢索課教學，以及蘇南地區文獻中心工作。
科技查新站：負責科技查新、查收查引等有償服務工作。
系統技術部：負責圖書館計算機集成管理系統的日常維護，鏡像站、主頁、郵件、視頻等服務器系統的調試和運行，圖書館網絡的構建和管理，確保全館網絡通暢，做好全館現代化設備管理與技術支持工作等；負責全館各校區電子閱覽室的網絡、設施及有關軟件等技術支持工作，參與校園信息化及圖書館數字化等相關技術服務工作。
數字化建設部：負責自建特色資源的數字化建設工作，做好蘇州大學學位論文、蘇大講壇、歷代名人圖像庫、吳文化數據庫、JALIS特色資源整合、非書資源及學者機構庫等特色數據庫的建設以及與數字化項目相關的軟件開發。制定數字資源建設規範，承擔數字化項目的組織、立項調研、立項申報、平臺設計開發、數據收集、加工、發布、結項、後期服務、項目完善等工作。
古籍特藏部：負責線裝古籍、民國文獻及影印出版的大型古籍叢書的管理、編目、閱覽、咨詢、修復等工作，開展古籍文獻數字化與整理、研究出版等相關工作；做好全國古籍重點保護單位的有關工作。
讀者服務部：負責圖書館的圖書文獻外借、書刊閱覽等工作，包括通借通還、書庫管理、新書驗收、讀者證件管理、閱覽室的開放和管理、讀者咨詢和導讀工作、OPAC、RFID使用指導及文獻資源利用分析。周開放時間不少於90小時。