清末濟南學者生前輯錄編輯《玉函山房輯佚書》，該書輯佚書594種，為輯書史上的空前巨著，輯錄之書均為唐以前已散亡的古籍， 但因馬國翰去世未能刊行。1870年，在丁寶楨協助下，濼源書院從馬國翰親屬處借出《玉函山房輯佚書》的書板，整理後分訂壹百冊印刷行世。為後世學術研究提供了珍貴資料。
《玉函山房佚書》分經、史、子三編，七百多卷，輯佚書五百九十四種。附刊馬國翰著《目耕帖》三十壹卷。所輯書，每種均親為之序，介紹該書散佚情形與輯佚來源。該書為學術研究提供了壹定方便，受到較高評價。清末李慈銘在其日記裏談及此書為“以《古經解鉤沈》及張介侯《二酉堂叢書》等為藍本，而博稽廣搜，較之王氏《漢魏遺書》，詳略遠判”。然而以壹人之力輯成如此洋洋巨制，有失審慎之處也是在所難免的。就古籍輯佚整理而言，《玉函山房輯佚書》仍不失為壹部資料翔實的巨著。