1.配伍禁忌:前面“配伍”壹節原則上提到，有些藥物在復方配伍中應避免使用。神農本草經把這些藥物之間的關系稱為“互邪”和“對立”。據《舒本草》統計，《本經》有60種藥物，反之有18種。歷代對配伍禁忌的認識和發展，在古籍中是不壹致的。金元時期總結為“十九畏”和“十八矛盾”，並編成歌曲。現在歌曲的內容列舉如下。
(1)九怕:
硫磺怕砒霜，水銀怕砒霜，瑞香狼毒怕立陶宛，巴豆怕牽牛花，丁香怕姜黃，川烏草烏怕犀角，牙硝怕三棱，官貴威怕石脂，人參怕五靈脂。
(二)十八反:
甘草。、大戟、海藻、芫花；附子、貝母、南瓜、半夏、白蘞和白芨；藜蘆、沙參、丹參、玄參、阿莎麗和芍藥。
此後的《本草綱目》、《簡瑤》等書也有壹些出入，但都不如《十八惡十九畏之歌》那樣被廣泛認可和流傳。
《神農本草經序》指出“邪對立者不可用”，“若有毒，則可用相畏相殺者，不可同用”。自宋代以來，“相畏”的關系也被列為配伍禁忌，與“相惡”相混淆。因此，“十九畏”的概念與“配伍”壹節中提到的“七情”之壹的“相畏”有著不同的含義。
“十九畏”“十八反”的壹些藥物與實際應用有些出入，歷代醫家也有所論及，引用古方為證，證明有些藥物仍可合用。比如感應丸裏的巴豆和矮牽牛壹起用；甘遂半夏湯與甘草並列。甘草、海藻玉壺湯同用。十香還魂丸將丁香和姜黃壹起使用。大活螺吳丹與犀牛角等壹起使用。現代這方面的研究工作不多。壹些實驗研究表明，甘草和甘遂的毒性主要取決於甘草的劑量配比。如果甘草的劑量等於或大於甘遂，則毒性更大。又如貝母半夏分別與附子配伍，毒性沒有明顯增強。但細辛和藜蘆合用會導致實驗動物中毒死亡。因為對“十九畏”和“十八般矛盾”的研究，還需要進壹步的實驗和觀察，研究它們的機制，所以目前應該持謹慎的態度。壹般來說，對於這類藥物中的壹部分，如果沒有足夠的基礎和應用經驗，還是要避免盲目合作。
2.妊娠用藥禁忌癥:有些藥物有損傷胎兒、引起流產的副作用，應作為妊娠禁忌癥。根據藥物對胎兒的損害程度，壹般可分為禁用和慎用兩類。禁用藥物多為毒性較強或藥性較強的藥物，如巴豆、牽牛花、大戟、斑蝥、商陸、麝香、三棱、莪術、水蛭、虻蟲等。慎用包括疏經化瘀、行氣破滯、辛熱藥，如桃仁、紅花、大黃、枳實、附子、幹姜、肉桂等。不得使用所有違禁藥物；慎用藥物可根據孕婦病情使用。但在沒有特殊需要的情況下，應該盡量避免，以防意外。
3.服藥時的飲食禁忌:飲食禁忌簡稱食物禁忌，也就是通常所說的禁忌。古代文獻中，常有山忌蔥；地黃、何首烏忌蔥、蒜、蘿蔔，薄荷忌甲魚肉；茯苓忌醋；鱉甲忌莧菜紅:及蜂蜜變洋蔥等記載。這說明某些食物不能和某些藥物壹起吃。此外，由於該病，所有不易消化、有特殊刺激性的食物，如寒、粘、腥等，都應根據需要避免食用。高燒患者也要忌油。
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