論文：《吐魯番古墓出土隨葬衣物疏的性質與發展》，《新疆地方誌》1993年1期，40~44+11頁。
論文：《關於麯氏高昌王朝地方制度的幾個問題》，《西域研究》1993年2期，24~30頁。
再錄：人民大學復印資料《魏晉南北朝隋唐史》1993年11期，45~51頁。
評論：日本吐魯番出土文物研究會《會報》，第104號。
論文《吐魯番出土張行倫墓誌考讀》，《新疆師範大學學報》1993年2期，67~73頁。
再錄：人民大學復印資料《魏晉南北朝隋唐史》1993年9期，48~54頁。
評論：日本吐魯番出土文物研究會《會報》，第106號。
論文：《試論唐朝在高昌推行州縣制的歷史與文化基礎》，《新疆文物》1993年3期，128~136頁。
論文：《〈蓋蕃墓誌〉與唐太宗西州移民》，（作者孟憲實、劉玉鋒）《新疆地方誌》1993年4期，26~30頁。
書評：《隋唐五代墓誌匯編？新疆卷》，《中國敦煌吐魯番學會研究通訊》1993年1期，7~13頁。 論文：《統壹後西州人故鄉觀念的轉變》，《新疆師範大學學報》1994年2期，39~51頁。
論文：《吐魯番出土墓磚題錄》（作者：侯燦、孟憲實），《新疆文物》1994年2期，74~89頁。
論文：《都市牧人——試論周濤獨特的文化傳承》，《昆侖》1994年6期，168~174頁。 論文：《論麯氏高昌中央諸曹職掌》，（作者：孟憲實、宣紅）《西域研究》1995年2期，16~25頁。
再錄：人民大學復印資料《中國古代史？先秦至隋唐》1995年9期，111~120。
論文：《高昌國的覆滅》，《北京大學研究生學刊》1995年4期，37~43頁。 論文：《從“義和政變”到“延壽改制”——麯氏高昌晚期政治史探微——》，（作者：孟憲實、姚崇新），季羨林、饒宗頤、周壹良主編《敦煌吐魯番研究》第二卷，北京大學出版社，1997年6月，163~188頁。
論文：《關於麯氏高昌晚期紀年的幾個問題》，王元化主編《學術集林》卷十，上海遠東出版社，1997年8月，298~309頁。
書評：《吐魯番出土文書》壹、貳，《敦煌吐魯番研究》第二卷，北京大學出版社，1997年6月，163~188頁。
翻譯：池田溫《敦煌吐魯番研究》第壹卷評介，《敦煌學輯刊》1997年1期，139~141頁。 日本吐魯番出土文物研究會《會報》簡介，《新疆師範大學學報》1998年3期，124~126頁。
日本吐魯番出土文物研究會簡介，《西域研究》1998年2期，96~99頁。 論文：《麯文泰與玄奘》，季羨林、饒宗頤、周壹良主編《敦煌吐魯番研究》第四卷，北京大學出版社，1999年12月，89—101頁
專著：《思想者的產業——張伯苓與南開新私學傳統》，撰寫第2、3章，海南出版社，1999年10月，38~96頁。
書評：《吐魯番出土文書》（三）（肆），《敦煌吐魯番研究》第四卷，北京大學出版社，1999年12月，581~586頁。
書評：王素《吐魯番出土文獻編年》，《敦煌吐魯番研究》第四卷，北京大學出版社，1999 年12月，590~596頁。
書評：王素《高昌史稿？統治篇》，《敦煌吐魯番研究》第四卷，北京大學出版社，1999 年12月，596~600頁。 專著：《敦煌百年——壹個民族的心靈歷程》（作者劉詩平、孟憲實），廣東教育出版社，2000年8月。
《倡導學術書評》，《中國圖書評論》2000年3期，署名史末
再錄《新華文摘》2000年7期，205~206頁。
百年敦煌專題：《不設防的年代》、《中國學者來了》、《千年記憶》，載《南方周末》2000年8月10日第22、23兩個整版。
書評：李鴻賓《唐朝朔方軍研究》，《中國學術》第四卷，2000年10月，328~331頁。 論文：《唐朝政府的民間結社政策研究》，《北京理工大學學報（文科版）》，2001年，第1期，25~30頁。再錄：人民大學復印資料《中國古代史？魏晉南北朝隋唐》2001年5期，28－33頁。
論文：《科舉制是怎樣完結的》，《文史知識》2001年3期，4－13頁。
論文：《敦煌社邑的分布》，《敦煌文獻論集——紀念藏經洞發現壹百周年國際學術研討會論文集》，遼寧人民出版社，2001年5月，422——435頁。
論文：《麯氏高昌追贈制度初探》，《敦煌吐魯番研究》第五卷，北京大學出版社，2001年5月，147——160頁。
書評：王素《高昌史稿·交通篇》，《敦煌吐魯番研究》第五卷，2001年5月，398~401頁。
書評：寧可、郝春文《敦煌社邑文書集校》；山本達郎、土肥義和、石田勇作《社組織及其相關文獻》，《敦煌吐魯番研究》第五卷，413~418頁。
論文：《論科舉制的完結》，《廣東社會科學》，2001年第2期，72~79頁。 專著：《孟憲實講唐史--從玄武門之變到貞觀之治》，廣西師範大學出版社出版，2007年5月。
（講座）：1百家講壇-貞觀之治
2百家講壇-玄武門之變
3百家講壇-君子與小人 專著：《唐高宗的真相》，北京大學出版社出版，2008年5月。
（講座）：百家講壇-唐高宗真相
與榮新江、李肖聯合主編《新獲吐魯番出土文獻》，中華書局。
《論敦煌民間結社與佛教寺院的關系》，黃寬重主編《基調與變奏——七至二十世紀的中國》，（臺灣）政治大學歷史學系等出版，社會、思想卷，2008年7月初，119-132頁。
《論敦煌民間的結社抗災》，饒宗頤主編《華學》第九、十輯（三），上海古籍出版社，2008年8月，1029-1039頁。（為2006年12月香港大學等為饒宗頤九十華誕國際學術研討會論文）
《<安樂公主墓誌>初探》，載《紀念西安碑林九百二十周年華誕國際研討會論文集》，文物出版社，2008年10月，315－323頁。
《傳統史學、新史學和公***史學的“三國鼎立”——以武則天研究為例》，《中國圖書評論》2008年12期，43-47頁。
《唐令中關於僧籍內容的復原問題》，《唐研究》第十四卷，2008年12月,69-84頁。
《吐魯番新出趙同墓誌初探》，孟憲實、劉麗，《西域文史》第三輯，科學出版社，2008年12月，187-195頁。
2009年度
《試論唐代西域的民間結社》，《西域研究》2009年1期，1-12頁。（收入《報刊復印資魏晉隋唐》，2009年3期，2009年3月9日刊發，26-36頁。）
《傳統史學、新史學和公***史學的“三國鼎立”——以武則天研究為例》，《新華文摘》2009年7期，65-67頁。
《成熟的敦煌民間結社》，《漢唐盛世的歷史解讀》，中國人民大學出版社，2009年3月，425-438頁。
《論唐朝的佛教管理——以僧籍的編造為中心》，《北京大學學報》2009年3期，5月20日出版，136-143頁。全文轉載復印報刊資料《魏晉南北朝隋唐史》2009年第5期，2009年9月9日刊發，49-56頁。
《論敦煌民間結社內部的轉帖》，《國學學刊》2009年第壹期（2009年3月25日），71-83頁。
《新發現的寺院手實研究》，《歷史研究》2009年第5期（2009年10月15日）,170-179頁。
2009年11月，出版了《孟憲實讀史漫記》