截至2015年11月，南京師範大學擁有國家地方聯合工程研究中心、教育部人文社會科學重點研究基地、教育部重點實驗室、公安部重點實驗室、國家體育總局體育社會科學研究基地和體育文化研究基地、全國婦聯婦女與性別研究與培訓基地、江蘇省國家重點實驗室培育建設點各1個。
南京師範大學還擁有江蘇高校協同創新中心4個，江蘇省哲學社會科學重點研究基地3個，江蘇新型高端智庫1個，江蘇省決策咨詢研究基地3個，江蘇省委宣傳部省級重點研究基地2個，江蘇高校哲學社會科學重點研究基地6個（含培育點1個）、江蘇省非物質文化遺產研究基地1個、江蘇省學生體質健康促進研究中心1個、江蘇省老年學研究基地1個；江蘇省重點實驗室11個、工程研究中心6個，江蘇省工程實驗室5個，江蘇省漁業重點實驗室2個，江蘇省科技公***技術服務平臺2個。
教育部重點實驗室：虛擬地理環境教育部重點實驗室
教育部人文社會科學重點研究基地：道德教育研究所
國家地方聯合工程研究中心：江蘇省醫藥功能材料國家地方聯合工程研究中心
全國婦聯研究基地：全國婦女/性別研究與培訓基地
國家體育總局研究基地：國家體育總局體育文化研究基地、體育社會科學研究中心
江蘇省國家重點實驗室建設培育點：地理環境演化模擬重點實驗室
江蘇省重點實驗室：江蘇省光電技術重點實驗室、江蘇省地理信息科學重點實驗室、江蘇省分子醫學生物技術重點實驗室、江蘇省生物多樣性與生物技術重點實驗室、江蘇省環境演變與生態建設重點實驗室、江蘇省生物功能材料重點實驗室、江蘇省大規模復雜系統數值模擬重點實驗室、江蘇省微生物與功能基因組學重點實驗室、江蘇省醫藥超分子材料及應用重點實驗室、江蘇省新型動力電池重點實驗室、江蘇省三維打印裝備與制造重點實驗室
江蘇省工程實驗室：江蘇省智能信息技術與軟件工程實驗室、江蘇省水土環境生態修復工程實驗室、江蘇省電氣裝備電磁兼容工程實驗室、江蘇省能源系統過程轉化與減排技術工程實驗室、江蘇省先進通信聲頻技術工程實驗室
江蘇省工程研究中心：江蘇省信息安全保密技術工程研究中心、江蘇省生物醫藥功能材料工程研究中心、江蘇省海洋綜合開發與生態建設工程中心、江蘇省微生物資源產業化工程技術研究中心、江蘇省萃取分離工程技術研究中心、江蘇省萃取分離工程技術研究中心
江蘇省漁業重點實驗室：江蘇省水生甲殼動物病害重點實驗室、江蘇省水產生物餌料重點實驗室
江蘇省社科類研究基地：江蘇法治發展研究院、創新經濟研究院、江蘇省老年學研究基地、語言信息科技研究中心、馬克思主義研究院、教育社會學研究中心、司法現代化研究中心、江蘇城鄉壹體化研究基地、江蘇民營經濟研究基地、江蘇省學生體質健康促進研究中心、江蘇藝術強省建設研究基地 研究概況 截至2015年11月，南京師範大學獲得國家社會科學基金重大項目15項、教育部哲學社會科學研究重大課題攻關項目4項、國家科技支撐計劃項目2項、國家重大科學研究計劃項目3項；在國際權威學術期刊《科學》和《自然》上發表第壹作者單位論文5篇，獲國家自然科學獎二等獎1項（第壹單位），教育部高等學校科學研究優秀成果獎人文社會科學壹等獎6項、自然科學壹等獎3項（第壹單位），8部專著入選“國家社科基金優秀成果文庫”，科研成果入選2008年度“中國高等學校十大科技進展”和“中國基礎研究十大新聞”。該校教師主持、歷時8年修訂的點校本《史記》，入選《光明日報》“2013十大文化亮點”和《中華讀書報》“2013十大文化事件”。 自然科學研究 南京師範大學1992年科研經費投入比1985年增長2.6倍，應用科研項目比重由1985年的44%上升到67%。承擔了國家"八六三"高技術、"八五"科技攻關、攀登計劃、火炬計劃等高新技術研究項目。通過科研成果鑒定113項，獲國家專利18項，公開出版專著800部，發表論文近7000篇，其中在國際學術刊物上發表120多篇，科研成果獲國家和省級政府部門獎91項。 社會科學研究 2015年，學校***獲得各類國家社科基金項目36項，立項數位居全省第二，重大重點項目立項數居全省首位。在國家社科基金重大項目（第二批）立項名單中。該校獲批5項，全國並列第七。
由該校地理科學學院鄭洪波教授作為首席科學家申報的的國家重大科學研究計劃（973計劃）項目“末次冰消期以來中國中東部極端氣候環境事件與農業起源發展和人類適應研究”於2014年正式獲得科技部批準立項。
在2013年國家自然科學基金委集中受理期間，該校***申報218項，其中65項獲立項資助，包括重點項目2項、面上項目30項、青年科學基金項目33項，立項總經費3544.5萬元。
在2013年度國家社科基金項目立項結果中，該校獲批項目31項（其中重點項目5項，壹般項目19項，青年項目7項），立項數首次突破30大關，申報項目的立項率為21.8%，遠超全國平均立項率13.3%的水平。獲批立項項目總數位列全國高校（含科研院所）第10名、全國師範院校第2名、全省高校第2名（僅次於南京大學）。其中，獲批立項重點項目總數位列全國高校（含科研院所）第4名、全國師範院校和全省高校第1名。
在2013年度教育部人文社會科學研究項目立項中，該校***獲立項項目27項，其中規劃基金項目13項，青年基金項目13項，科研誠信與學風建設專項任務項目1項。 館藏資源 南京師範大學圖書館是1952年在原金陵女子文理學院圖書館的基礎上，調集前南京大學師範學院、金陵大學等單位所藏書刊資料組建而成。全館形成了三區七館的分布格局：隨園校區隨園圖書館（文學圖書館）和華夏圖書館（教育圖書館）；紫金校區紫金圖書館（工科圖書館）；仙林校區敬文圖書館（總館）、社科圖書館（含密集書庫）、數理化圖書館和生地圖書館。 截至2015年9月，南京師範大學圖書館紙質館藏已逾300萬冊，其中教育學、文學、理學、藝術學等學科館藏文獻尤為豐富，古籍、民國文獻、工具書等頗具特色。古籍藏書12萬余冊，其中線裝書11萬余冊，被收入《中國古籍善本書目》的有190種3000多冊，其中孤本明末刊孚中道人的《且居批評息宰河傳奇》、明天順間刻本《宋學士文集》等，彌足珍貴。另有《四庫全書》、民國時期教育學文獻收藏、《方誌叢書》等古籍影印精裝本1萬余冊。2008年被國務院列入首批“全國古籍重點保護單位”，***有41部古籍入選《江蘇省珍貴古籍名錄》，23部入選《國家珍貴古籍名錄》。圖書館擁有中外文電子圖書約320萬冊，中外文電子期刊累計31000種，各類數據庫資源112個。
敬文圖書館（總館）：敬文圖書館得益於香港朱敬文教育基金會捐助，並以已故教育實業家朱敬文先生名字命名。文獻收藏的重點是為教學服務的文理科中外文書刊、工具書，社科和理科中文樣本圖書、教學參考書和本校教師著作等。
隨園圖書館（文學圖書館）：隨園圖書館主要為本科生、研究生及教師提供所需的中外文書刊，收藏的重點以文史為主，有古籍、工具書、文科期刊樣本、文革前及民國期間出版的文獻、本校博碩士學位論文等。
華夏圖書館（教育圖書館）：華夏圖書館原為金陵女子文理學院圖書館。1988年5月得益於香港華夏教育基金會捐助，建成中國國內第壹所面向全國基礎教育、師範教育的專業圖書館。主要收藏中文人文樣本圖書、港臺版圖書等，是江蘇省高校文獻信息保障系統教育學文獻中心。
紫金圖書館（工科圖書館）：館藏以工科為主，同時藏有《中國國家標準》、《中國專利文獻》等文獻資料。江蘇省高校文獻信息保障系統文理科中文圖書采編中心設在該館。
生地圖書館：生地圖書館主要收藏生物、地理類中外文書刊資料約4萬冊。
社科圖書館（含密集書庫）：社科圖書館面向公***管理學院、商學院和法學院提供學科專業服務。有社會科學研究型文獻約5萬冊。密集書庫主要收藏用頻較低的中外文書刊50萬冊。
數理化圖書館：數理化圖書館位面向數學科學學院、物理科學學院、化學科學學院和計算機科學學院提供學科專業服務。有理學研究型文獻約6萬冊。 學術期刊 《南京師大學報》（社會科學版）是南京師範大學主辦、江蘇省教育廳主管的哲學社會科學綜合性學術期刊。主要刊登馬克思主義理論、哲學、教育學、心理學、經濟學、管理學、法學、社會學、政治學、歷史學、文學等方面的學術論文。2010年已入選教育部高校哲學社會科學名刊工程。其刊登的論文在《新華文摘》、《中國社會科學文摘》、《人大復印報刊資料》和《高等學校文科學術文摘》等主要文摘類刊物上的二次文獻轉摘率，在全國高校學報中名列前茅。壹直被中國社會科學院文獻信息中心編制的《中國人文社會科學核心期刊要覽》、上海圖書館編制的《全國報刊索引》、北京大學圖書館編制的《中文核心期刊要目總覽》評為綜合性人文社會科學核心期刊。
在南京大學中國社會科學研究評價中心編制的《中文社會科學引文索引》中，該刊壹直是中文社會科學引文數據庫（CSSCI）來源期刊，其論文每年的被引頻次在全國高校社會科學綜合性學報中均排在20名以內。在江蘇省新聞出版局舉辦的優秀期刊評比中，該刊連續獲得社科類十佳期刊、優秀期刊的稱號。在全國高等學校文科學報研究會舉行的近三屆優秀社會科學學報的評選中，分別獲得了全國高校“雙十佳”、“三十佳”學報和“全國社科學報名刊”榮譽稱號。
《南京師大學報》（自然科學版）是南京師範大學主辦、江蘇省教育廳主管的綜合性自然科學學術期刊。刊載的論文主要涉及的學科有數學、物理學、化學、生物學、地理學、體育和實驗心理學等，其中的數學、生命科學和地理學等學科的論文在中國國內外有很大影響。
該刊是國家科委確定的重要自然科學學術期刊、國家科委組建的國家級外向性文獻數據庫－－中國科學技術期刊文摘（CSTA）第壹批收錄的大學自然科學學報，也是清華大學出版社出版的《中國科技期刊（光盤版）》最早的成員期刊之壹。收錄該刊的中國國內外重要檢索系統（數據庫）主要有：美國數學評論、美國化學文摘、美國生物學文摘、俄羅斯化學文摘、日本科學技術文獻速報、中國數學文摘、中國光學與應用光學文摘、中國物理文摘、中國化學化工文摘、中國生物學文摘、中國無機分析化學文摘、中國地理科學文摘、中國學術期刊（光盤版）、國家科技信息研究所萬方數據庫、中國期刊網、龍源國際期刊網、中文科技期刊數據庫、中國科技期刊精品數據庫等。
《南京師範大學學報》（工程技術版）是南京師範大學主辦的、江蘇省教育廳主管的綜合性工程技術學術期刊。主要刊登電氣工程、電子工程、動力工程、控制科學與工程、化學工程與技術、材料科學與工程、環境科學與工程、生物醫學工程等領域的學術研究、技術研究和應用研究論文。
據中國科技信息研究所每年公布的《中國科技期刊引證報告》顯示，該刊2002—2005年的影響因子分別為0.025、0.0563、0.115、0.204；的被引頻次分別為10、10、20、22、61。 已被國家科技信息研究所萬方數據庫、中國核心期刊（遴選）數據庫、中國期刊全文數據庫、中國期刊網、龍源國際期刊網、俄羅斯文摘雜誌、美國化學文摘、英國科學文摘、美國劍橋科學文摘、電子科技文摘、中國數學文摘等數據庫或文摘刊物收錄。