1.編輯隊伍長期缺乏合適的人員和管理制度，導致期刊出版滯後，質量下降。
2.某些時期的刊物學術態度不夠嚴謹，更註重商業性質的文章，而不是學術研究和傳承中國文化的作品。
3.由於資金短缺和期刊市場萎縮，中國活頁文選多次陷入經濟困境，往往只能靠自籌資金和借款來維持出版。