歷史學院有八個二級學科。全院下轄歷史系、世界史系、文物博物館系、歷史研究所、中國近代史研究所、古籍文化研究所、日本史研究中心、美國歷史文化研究中心、拉美研究中心。在系、研究所和中心下面有幾個教學和研究部門和實驗室。
南開大學的世界史專業涵蓋了廣泛的研究領域，尤其在世界古代中世紀史(含拜占庭研究)、美國史、日本史、拉美史四個研究方向上，在國內享有盛譽，在國際上也有較大影響。舉個簡單的例子:最近兩屆獲得美國史博士學位的青年學者中，有四位在美國用英文發表了博士論文，在美國歷史學界產生了很大影響。目前國內世界史研究機構中，這是唯壹壹家。可以說，南開大學的世界史學科幾乎涵蓋了從朝代史到地區史、國別史的所有方向。
世界古代中世紀史:涉及古希臘羅馬史、拜占庭史、基督教史、阿拉伯伊斯蘭文明史的研究方向。古希臘羅馬歷史學科在中國占有重要地位。學術帶頭人王敦樞先生，世界中世紀史研究會主席，(解放前在清華大學與陳、等大師齊名)關門弟子，國內羅馬史權威。可惜王老師已經退休了，但他仍然為本科生和研究生開設西方歷史的著名選修課，所以我們仍然能聽到這位老先生帶著輕微的倫敦口音在教英語。
拜占庭研究在國內首屈壹指。學術帶頭人陳智強先生(亞裏斯多德大學博士)是國際拜占庭學會的中國首席代表，成為中國影響這所世界知名學校的支柱。此外，還成立了東歐拜占庭研究中心，在中國收集了豐富的英文和希臘文的關於拜占庭的外文研究資料和檢索系統，為有誌於學術研究的同學打下了堅實的基礎。哈全安教授主要指導阿拉伯史的研究方向，但近年來逐漸轉向中東特別是伊朗、埃及和沙特阿拉伯的現代化比較研究。如果對中東變幻莫測的歷史進程感興趣，可以選擇哈先生。
美國史:美國史在中國的開拓者之壹楊先生(1980年代初參與成立中國美國史研究會並任副會長)，執掌南開大學40余年。美國歷史專業設在美國歷史文化研究中心。現任主任李建明教授是美國歷史研究協會的主席。他是國內公認的美國史權威，主要從事美國早期史、美國種族關系史和美國史學史的研究。
韓鐵教授於2002年從國外來到南開大學。曾在中國另壹個重要的美國史研究中心武漢大學任教，後在美國獲得博士學位，定居加拿大，主要從事美國經濟史和美國法制史的研究。美國史其他研究方向:美國外交史、中美關系史、美國憲法史、加拿大史等。此外，2005年，美國中心將招收美國學研究生，這是目前中國唯壹的美國學博士、碩士項目，開展當代美國綜合研究，成為美國中心學科建設的新增長點。
日本史:日本史學科成立於1964，經歷了從日本史研究室到日本研究中心再到日本研究所的巨大變化。現在，日本研究所已經成為集日本歷史、日本經濟、日本政治、國際關系於壹體的綜合性“日本學”研究機構。該研究方向的幾名博士生導師都是中國日本史研究會副理事長，綜合實力國內壹流。每年都有相當比例的研究生獲得在日本大學完成學位的機會。有壹點需要註意:日本歷史科目對日語的要求相當高，以為日語是唯壹的外語考試。雖然2005年就招收了英語考生，但是和日語考生相比，在錄取和未來學習上處於劣勢。
拉美史:拉美史也誕生於1964，拉美研究中心成立於1994，成為唯壹在教育部指導下統籌全國拉美史研究的研究機構。洪教授任拉美史研究會會長，王孝德主任任副會長。拉美史的研究實力不用多說，在國內也是無與倫比的(當然說到當代拉美研究，中國社科院拉美所也是很強的，主要在國際關系、世界經濟等學科下招生)。南開的拉美史招收英語考生。不會說西班牙語或葡萄牙語的考生也不用擔心。從近幾年的情況來看，錄取的拉美史考生都是英語考生，而西班牙語學習是研究生階段的短期(壹年左右)強化訓練。拉美史主要研究領域:拉美政治經濟壹體化、美國與拉美關系等。
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