據史料記載，1279年，元代著名天文學家郭守敬奉命進行“四海試驗”，在南海的測點是黃巖島。這說明中國至少在元代就發現並利用了黃巖島。當時菲律賓的原住民還處於原始部落時期。
黃巖島及其周邊海域漁業資源豐富，自古以來就是我國的傳統漁場。中國漁民世世代代在這片海域從事漁業生產。黃巖島也是中國人在南海航行時避風和休息的地方。現存的《更錄書》和有關中國的古籍完整記錄了中國漁民在黃巖島的航線。自元代以來，中國人民從未停止過在黃巖島及其周邊海域的活動，並對黃巖島進行了長期的開發和利用。這壹歷史事實得到了中國官方文件、地方誌和官方地圖的支持。
20世紀30年代中期，中國政府內政部、外交部和教育部派官員組成水陸地圖審查委員會。在南海諸島的132個礁灘中，黃巖島作為中沙群島的壹部分，被劃入中國版圖。1947年，中國內政部地方區域司批準並公布了172南海諸島名稱，黃巖島以民主礁名稱列入中沙群島。1948年，在中國官方印刷出版的《南海諸島位置圖》中，黃巖島被明確劃入中國南海傳統海岸線。
新中國成立後，中國人民和中國政府關於南海諸島主權的公告和聲明，都指出黃巖島的領土主權屬於中國。中國政府長期以來壹直行使和維護對黃巖島的領土主權和管轄權，黃巖島壹直由廣東省和海南省管轄。20世紀80年代初，中國政府組織了南海諸島地名普查。1983年，中國地名委員會受權公布《中國南海諸島部分地名》時，以黃巖島為標準名稱，以民主礁為子名稱。1992頒布的《中華人民共和國領海及毗連區法》中的“領土條款”明確規定黃巖島等島嶼是中國的領土，重申了黃巖島等島嶼屬於中國領土的法律屬性。上述壹系列事實充分表明，黃巖島是中國的固有領土，中國對黃巖島擁有無可爭辯的主權。中國歷屆政府以各種形式對黃巖島進行治理，有效行使和鞏固了對黃巖島的主權，幾個世紀以來從未遇到任何挑戰，得到了國際社會的廣泛認可。